茂木認為小五郎是兇手而開槍將他射傷，當前來“黃昏別館”的所有名偵探都命喪黃泉時，電腦上居然出現了一行關于寶藏的信息，一直躲在監視器操控室的神秘幕后黑手終于按捺不住露出了真面目，沒想到這個人居然是……柯南引導她說出了整件事的真相，而這時，本應死去的偵探們居然都出現在門口，可到底是怎么回事？這棟別墅的寶藏又是什么？

少年偵探團在超市里玩從收銀條上的物品名稱猜晚飯的菜名的游戲。其中發現了可疑的收銀條，柯南她們開始尋找買這些東西的人，想要阻止他。通過分頭尋找自行車燈少年偵探團的成員們最終找到了犯人，但中途卻失去了犯人的行蹤。在元太無意的提醒下，柯南他們抓到犯人現行。最終柯南用腳力增強鞋制服了犯人。

小五郎等人為了品嘗當地出產的優良啤酒，便來到了有森旅館。在那里碰到了前來視察娛樂場所企業家城完英彥跟他的妻子演員備前千鶴。但夫妻的氣氛卻有些意外的尷尬。備前千鶴對飯店里的料理百般挑剔，態度非常惡劣。次日小蘭和柯南眾人去郊外燒烤。夜間，眾人回到旅館之后丈夫英彥發現千鶴一直鎖在房間里不出來，進去之后發現千鶴竟已經死亡！

小蘭發現“影秋村”的村長船木也被殺害。柯南發現矢部賬戶每月固定打入的匯款，在詢問了駒井關于7年的事故之后確定了這次的殺人事件與七年前BONNET公交車發生的事故有關。在拜托教授調查了事故之后柯南發現兇手的身份并發現兇手欲重演悲劇，他獨自登上觀光車與犯人對峙阻止了悲劇的發生。

柯南在調查橘律師釣魚的小船之后發現可疑的痕跡和莫名遺失的船錨。之后衫村小姐說出熊田達也事情的真相。在看到約翰的狗屋的牌子之后柯南發現了兇手的身份。利用小五郎的沉睡，柯南向眾人闡述了兇手利用潮水漲落的犯罪手法和殺害熊田達也的發法。而兇手也主動承認了罪行并道出了殺人的理由。