一名老護(hù)士告訴柯南，她以前見(jiàn)過(guò)英祐并且在他小的時(shí)候還因白血病做過(guò)手術(shù)。另一方面，得知杯戶中央醫(yī)院被黑暗組織入侵后，柯南和FBI立刻對(duì)醫(yī)院的病人進(jìn)行了排查，其中最具嫌疑的有三個(gè)人，為找出那個(gè)在醫(yī)院調(diào)查水無(wú)憐奈的人，柯南想出了一條妙計(jì)，他直接與這三個(gè)嫌疑者接觸，最終將目標(biāo)鎖定，在接下來(lái)的行動(dòng)中，柯南和FBI又能得到什么樣的線索？

本堂瑛佑再次造訪毛利事務(wù)所，就在大家聚在一起討論許久未露面的歌手板垣時(shí)，來(lái)了一對(duì)父子，孩子說(shuō)他曾在一座大橋上目擊到頭發(fā)像鋸子一般的板垣的尸體，還看到處理尸體的人身上有釘子紋身并且在他們的周圍還有錘子形狀的物體，小五郎認(rèn)為這不過(guò)是小孩子撒謊的把戲，然而本堂通過(guò)摸他脖子上的脈搏判斷真假，這一幕讓柯南想起的水無(wú)，不禁開(kāi)始懷疑本堂。之后，為了找尋更多線索，大家決定尋找這個(gè)小目擊者所說(shuō)的大橋。

放課后，小林老師神神秘秘的讓同學(xué)們都離開(kāi)教室，待大家午餐完畢返回教室，卻發(fā)現(xiàn)黑板上留有一張“怪人二百面相”的字條，柯南一眼就看穿了這個(gè)江戶川亂步迷老師的意圖，之后，同學(xué)們又紛紛從自己的抽屜里找到了數(shù)字和篩子的圖紙，柯南輕松看出暗號(hào)的所指，就在他要揭秘時(shí)卻被廣播叫走，解謎的重任就交給了1年B班所有同學(xué)，沒(méi)有柯南的幫助，他們能否解開(kāi)暗號(hào)找到老師呢？

小說(shuō)家萬(wàn)田年久在旅館里趕寫小說(shuō)，在編輯島木催稿離開(kāi)房間后，萬(wàn)田化裝成服務(wù)生，帶著貓咪諾貝爾離開(kāi)了旅館。萬(wàn)田路過(guò)柯南等人打簡(jiǎn)易棒球的場(chǎng)地，進(jìn)入了弟子原本高平的家。萬(wàn)田從代理作者原本那里得到原稿后，將其殺害了。而偶然將球打入的柯南一行進(jìn)入房間后發(fā)現(xiàn)了被殺的原本。柯南則發(fā)現(xiàn)了萬(wàn)田的不自然。

在尸體旁邊的筆記本上死者留下了一個(gè)晦澀的死亡訊息，不論怎么想也理不出頭緒，之后，山村警官也趕來(lái)介入調(diào)查，他們將目標(biāo)鎖定在山下旅館投宿的三位客人當(dāng)中，就在這時(shí)，柯南像是想到了什么，他獨(dú)自一人返回山里并在一棵樹(shù)下挖出了白骨，于是他就在這里等待兇手自投羅網(wǎng)，然而，讓他沒(méi)想到的是對(duì)方居然帶領(lǐng)了一大波人……