某天小五郎偶遇了大木田社長(zhǎng)并把自己的名片給了他。之后的晚上大木田突發(fā)心臟病身亡，而小五郎和小蘭，柯南為了配合調(diào)查也來(lái)到大木田的家里。在調(diào)查了現(xiàn)場(chǎng)之后柯南發(fā)現(xiàn)了大木田大量出汗的事實(shí)，而從現(xiàn)場(chǎng)外面的花和點(diǎn)心處發(fā)現(xiàn)了大木田死亡的真正的原因。之后柯南得知了社長(zhǎng)和司機(jī)之間的矛盾后推理的方向也越加明確最終柯南以新一的身份告訴了暮目警官犯人的真實(shí)身份并抓獲了犯人。

暮目警官趕來(lái)寺院展開(kāi)調(diào)查，就在大家一籌莫展準(zhǔn)備離開(kāi)時(shí)，獨(dú)自調(diào)查的柯南從被強(qiáng)大力量打破的墻壁、切口變形的走廊木板、被丟在樹(shù)林里的角窗碎片和膠帶中洞察到了兇手的犯案手法，以及兇手就在四個(gè)修行僧當(dāng)中，他用阿笠博士給他的紐扣擴(kuò)音器道出真相，而兩年前以同樣手法殺死修行僧忠念的居然另有其人。

小五郎帶柯南和小蘭為四井集團(tuán)董事長(zhǎng)千金麗花慶生，宴會(huì)結(jié)束后，大家的車(chē)都遭到不明人士的破壞，麗花決定住在別墅，一班追求者也表示留下來(lái)陪她。當(dāng)晚，麗花莫名失蹤，大家在尋找麗花時(shí)，二階堂被溺死在噴泉旁邊，之后，小蘭也遭到同樣手法的襲擊，被柯南所救，兇手利用空調(diào)致使停電，因此可以確定犯人就是別墅里的人，這時(shí)，麗花浸在水里的尸體被發(fā)現(xiàn)。

在關(guān)西知名度極高，與工藤新一同為高中生名偵探的服部平次來(lái)到毛利偵探事務(wù)所尋找新一，想要與新一一爭(zhēng)高下。而他隨毛利小五郎前往事件的案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)時(shí)，卻入了兇手之圈套，做出了錯(cuò)誤的推理。就在他指出“兇手”，且“兇手”，自己也承認(rèn)了的時(shí)候，工藤新一的聲音卻在門(mén)口響起。原來(lái)柯南在重感冒的情況下，喝下了服部平次帶來(lái)的【老白干】，身體意外的變回了原狀。他完美的分析了整個(gè)案件的作案過(guò)程，并揪出了真正的兇手。而就在這時(shí)，他再次變回了柯南......

小五郎等人代替感冒的阿笠博士到伊豆參加推理之旅。活動(dòng)規(guī)定，如果能夠找出推理之旅的主辦人就可以免費(fèi)住宿并可獲得一個(gè)包含某種病毒程序的磁盤(pán)。但是在旅途中不知什么人扮成暗夜公爵把柯南從欄桿上推了下去！之后柯南打電話(huà)詢(xún)問(wèn)阿笠博士關(guān)于程序的事情得知了病毒的事情。晚餐后回房間時(shí)柯南和小蘭偶遇和明子發(fā)生口角的前田并被前田邀請(qǐng)卻觀看夜景。就在這時(shí)暗夜公爵卻墜樓生亡！