這天小五郎和柯南看到警車駛過，便和目暮警官一同趕往殺人現(xiàn)場。原來是公寓的某屋內(nèi)發(fā)現(xiàn)了小說家齊川村子的尸體。死因是頭部被物品打擊致死。發(fā)現(xiàn)尸體的是迷宮出版社的編輯遠(yuǎn)野舜一和公寓管理員村田啟三。遠(yuǎn)野說齊川之前收到了恐嚇的明信片。而在警方的調(diào)查下柯南最終發(fā)現(xiàn)了犯人的真面目。

少年偵探團(tuán)聽同學(xué)說她們家的房客中有一個(gè)十分刻板且循規(guī)蹈矩的男人，尤其是遇上亂扔垃圾的人就會對他們訓(xùn)斥一番，出于好奇，柯南他們便前去見這個(gè)叫巖田的先生。沒想到三天之后，巖田居然去警局自首說自己失手殺人，雖然是正當(dāng)防衛(wèi)不予追究，但警察還是對巖田的生活以及他的朋友等人進(jìn)行了調(diào)查，卻發(fā)現(xiàn)事情并不像他描述的那么簡單。

30年前，莊堂胡桃被一位少年從車禍中救回一命，如今，她想把偶然中得的一億獎金轉(zhuǎn)送給自己的恩人，線索就是少年身上巨大的疤痕以及夏日海灘的記憶，期間，有兩名男子前來認(rèn)領(lǐng)，為了辨認(rèn)誰才是正牌貨，柯南他們來到了莊堂家，沒想到在這里碰到了正在追查快要超過追訴期的殺人案的目暮警官，因?yàn)槟敲麅词稚砩弦灿幸坏纻邸．?dāng)晚，小五郎泡澡的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)管家保谷泰輔背上有一道傷痕，胡桃回憶中的少年究竟是誰呢？

沒過多久本堂瑛佑再次找到小五郎說他在網(wǎng)上發(fā)現(xiàn)了一件有趣的事情，于是就把他們帶到了鳥矢町，沒想到竟然在這里遇見了高木和目暮警官，他們正在調(diào)查一起兇殺案，死者是住在附近的船本太太，就在大家詢問案情的期間，船本家的兒子透司說兇手是一個(gè)穿著黑衣服的外國女人，難道是黑衣組織？這時(shí)，柯南突然想起這個(gè)小男孩就是曾出現(xiàn)在水無憐奈車禍現(xiàn)場的人。

赤井秀一按照約定來到會面地點(diǎn)，水無憐奈也早已等候在那里，她拔槍直接射穿秀一的肺部，之后又按照今恩的指示朝他的頭開槍，這時(shí)，巡邏警車趕來，水無憐奈在留下一枚炸彈后匆忙離開。當(dāng)FBI得知消息后，爆炸的車內(nèi)只剩下一具燒焦的尸體，在不暴露秀一身份的情況下，茱蒂確認(rèn)了那具尸體確實(shí)是赤井秀一，雖然損失巨大，卻保住了水無憐奈。