公演不能終止，可是主演蓮華卻還是沒有下落，情況緊急，小蘭自告奮勇決定暫時(shí)擔(dān)任輝夜姬一角。于是，少年偵探隊(duì)出動，他們和玉之助一起幫忙找人，期間還遇到為給歹徒送錢而被打昏的片岡秘書大貫，面對人財(cái)兩空的狀況，柯南能否找到蓮華？《竹取物語》又能否完美謝幕？

柯南等人掉落屋低之后，發(fā)現(xiàn)這個(gè)別館的地下居然是一個(gè)巨大的迷宮，大家團(tuán)結(jié)一致將衣服拆開，利用毛線引導(dǎo)道路，雖然走了很多冤枉路，但還是找到了出口。而此刻距離解謎的結(jié)束時(shí)間只有三個(gè)小時(shí)，這時(shí)，窗外的一束光給了柯南提示，他跑出東之天使那里，把找到的黑色水晶按放在相應(yīng)的位置，寶藏的所在也顯現(xiàn)出來，這時(shí)，時(shí)鐘不顧一切的沖向?qū)毑兀降资鞘裁慈耍?/p>

緊張的氣氛不僅圍繞在賽場上，在場下尋找另一支寫有其他線索手機(jī)的柯南、服部和大龍警官也正在絞盡腦汁的破解暗號，柯南還特意借來小五郎的收音機(jī)以方便了解賽場上的情況，所幸在第二支手機(jī)響起之時(shí)被服部順利找到，可接下來等待他們的卻是另外一組費(fèi)解的數(shù)字，經(jīng)過商量，三人決定分頭行動，雖然最終還是找到了第三只手機(jī)，但里面的所留下的線索只有一個(gè)括號和數(shù)字13，柯南和服部能否解開這個(gè)不同于前兩次的數(shù)字暗號？

某日清晨，柯南等人正在觀察4只青蟲時(shí)看到有警車在附近停靠。為打探消息柯南他們隨即趕往現(xiàn)場。根據(jù)高木刑警的敘述得知，獨(dú)自生活的一位老人被殺。利用午休時(shí)間，高木等人來到學(xué)校。據(jù)說昨晚，有個(gè)少年剛巧目擊了犯罪經(jīng)過警方隨即來尋找那名少年。高木雖然找到了那名目擊者圭一，但是圭一卻不承認(rèn)看到過犯人。

大金和港南高中的比賽如火如荼的進(jìn)行著，坐在一旁的大龍警官看著這些在賽場上揮灑汗水的年輕人不禁懷念起了曾經(jīng)為棒球而努力的自己，然而這個(gè)地方有人愛自然也有人恨，這時(shí)，被人遺落在服部腳邊的手機(jī)響起，沒想到這竟然是一通恐嚇電話，這個(gè)自稱甲子園惡魔的人讓服部在比賽結(jié)束前，找到他在觀眾席留下的三支寫有線索的手機(jī)以及他自己的的位置，否則后果不堪設(shè)想，情況危急，服部，柯南和大龍警官便在這茫茫幾萬人的球場中展開了搜查。