除了發(fā)現(xiàn)煙頭，柯南還發(fā)現(xiàn)二川身上多處沾有血跡，博士等人也在懸崖上找到了寫有遺書的手機，回到旅館后柯南將這件命案告訴了其他人，就在大家根據(jù)二川留下的遺書認為他是自殺時，柯南卻說他是被人用鋼管擊中頭部墜落山崖而死，于是少年偵探隊便對其他三個可疑人的房間進行檢查，雖然一無所獲，但柯南還是發(fā)現(xiàn)了蛛絲馬跡，他讓灰原配合他演戲，沒想到真的有人上鉤，這個人就是真兇嗎？

少年偵探隊放學去游戲軟體公司詢問第二天新游戲發(fā)售的事情，沒想到元太因為著急想上廁所而沖進了董事長的辦公室，慌亂之中還拿走了新游戲的碟片，這讓董事長很是緊張，因為碟片里是他殺人的影像，柯南碰巧看到董事長追元太等人的時候身上帶了手槍，意識到元太他們有危險，便在董事長身上裝了竊聽器，他聽到董事長讓一個叫BEE的人追殺元太，這個BEE到底是誰？元太他們又能否成功脫險？

小五郎要去參加米花街業(yè)余文藝會演，于是便與柯南，目暮警官和街道主管上島長郎一同前往會場。途中，小五郎等人順路去了目黑美彌開的飯館。大會結(jié)束后，只剩下了有人找的市松留了下來。小五郎，上島等人則去咖啡館“meruhenn”繼續(xù)第二攤。不久后目暮警官卻接到電話報告說市松被刺！最終在柯南的推理下終于揭開了事件的真相。

柯南在舊大社車站找到了可以證明江角案發(fā)時不在場的目擊證人，幫江角洗清嫌疑之后，福間也不在隱瞞而說出了事情的真相，其實在他到達現(xiàn)場的時候，鱷淵已經(jīng)死亡，在尸體身邊他發(fā)現(xiàn)了江角的項鏈，于是，就出現(xiàn)了兩人互相包庇的戲碼。既然鱷淵并非這對情侶所殺，那么兇手就在藤江和石飛之間，即使他們兩人都有不在場證明，真相也永遠只有一個！

柯南和小蘭在公園遇到了帶狗玩耍的八木沢夫婦和堤夫婦，兩只小狗武藏和克爾更是贏得他們的喜愛，然而，沒過幾日，就發(fā)生了一起惡狗傷人事件，攻擊者正是武藏，它咬傷了隔壁中谷太太的婆婆，導致其失血過多而死，雖然小五郎和柯南等人認為是中谷太太命令武藏進行襲擊，可卻沒有確鑿的證據(jù)，直到克爾在案發(fā)的院子里找到……