建太去撿球時透過窗戶發現了一個人身受重傷靠在沙發上，待大家發現后檢查傷者已經死亡。柯南不認為這是起意外事件，因為客廳里還躺著另外一名死者。經警察調查后得知受傷死者是房地產老板河合信藏，躺在地上的死者是河合以前的員工名叫柴田健介。柴田因挪用公款被河合開除，警察推測這可能是柴田的殺人動機。事件發生時河合的妻子優子正在家中二樓睡覺，沒有聽到樓下的打斗聲，這件事讓柯南起了疑心。

一天，李黎給米小圈出了一道腦筋急轉彎，一道題里面有十個大爺，問哪個大爺偷了錢，米小圈正絞盡腦汁想到底哪個大爺偷走了錢，還讓同學們紛紛出來情景演繹，就在這個時候，班級里忽然來了不速之客，對方小小的個字，說話卻非常苛刻，并且對同學滿臉不屑，米小圈對這個不懂禮貌的小屁孩非常反感，就在這個時候班主任魏老師來了，給班上的同學介紹，這時他們班新傳來的學生王聰聰。聽說這個王聰聰總是跳級，從一年級直接跳到三年級，貌似天資異稟，智能超強，米小圈才對此不感冒，沒過幾天，語文老師提到民間習俗對對聯，米小圈本來對自己的對子特別自信，可是王聰聰話音一轉，直接成了公然嘲諷，同學們立刻哄堂大笑。米小圈也有了新的綽號“方大方”，米小圈對新來的同學恨得咬牙切齒。沒過幾天，姜小牙在課間吹噓父親剛剛買了新車，家里又碩大的別墅，這輛新車只是開進院子就需要半個小時。旁邊一直有小朋友發出驚訝艷羨的感嘆，王聰聰卻笑問有一樣東西，上可以貼著天，下可以貼著地，問這樣東西是什么，眾人開始迷惑不解，王聰聰抑郁成績，就是嘴巴。大伙哄然大笑，姜小牙的臉都綠了。米小圈和姜小牙對王聰聰恨得牙齒癢癢，他們慫恿李黎統一戰線也給王聰聰一點厲害，但王聰聰

阿笠博士帶著少年偵探團去朋友家的別墅玩，眾人卻在別墅的院子里發現一名倒在血泊中的男子，經證實此人正是俗稱“佐羅”的連環搶劫縱火犯的同黨伊勢原祐二。為了解開謎團，柯南只身一人前往深山，目睹了佐羅意圖殺害伊勢的場面。想要解圍的柯南在和伊勢一起逃亡的過程中被逼上了臨海的懸崖，在佐羅的追殺中不慎墜落懸崖的二人命運將會如何？

日暮警官有事求助于小五郎，最近一件殺人案讓他非常苦惱。舞濱龍二是文學家靈岸雄高的外甥，靈岸先生在家被人謀殺，根據目擊者的證詞，警方鎖定犯罪嫌疑人就是舞濱龍二。但就在離起訴期只剩兩天的時候，舞濱龍二突然推翻之前的證詞，說靈岸先生被害那晚他正在自家附近實施入室搶劫，受害者的證詞也證明了這點。靈岸家與舞濱家距離有一個多小時的車程，舞濱龍二到底是怎么錯過時間差實施殺人犯罪的，這讓日暮警官百思不得其解。

和柯南推測的一樣，17年前殺害羽田浩司的兇手就是那個從現場消失的名叫淺香的保鏢，其真實身份是黑暗組織的二把手朗姆，除了這些從羽田的死亡訊息中得到的線索外柯南一籌莫展。就在柯南思索的時候聽到了電視臺打給毛利小五郎的電話，號稱靈魂偵探的堀田打算破解羽田浩司的案件，但當柯南和小五郎趕到指定賓館時又一起兇殺案發生了。