小五郎受狩谷伴子太太所托來到狩谷家?guī)退冶慌獊G的手機(jī)，隨后大家分別對可能拿走手機(jī)的大策、嗣貴和滋英進(jìn)行詢問，卻并未找到，反而在小五郎等人離開的時候，伴子找到了手機(jī)。本以為一切就此結(jié)束，誰也沒想到伴子當(dāng)晚就遭人殺害，警方對狩谷家的人一一進(jìn)行偵訊，卻發(fā)現(xiàn)每個人都有不在場證明，期間，家里的仆人提起了12年前所發(fā)生的事情……

一個男子走路的時候差點(diǎn)被意外墜落的鋼筋砸到，雖然撿回了一命但也因此而昏迷，所幸他被少年偵探團(tuán)發(fā)現(xiàn)，為確認(rèn)身份，大家打開了他隨身攜帶的包，卻發(fā)現(xiàn)里面有繩子、手套和遺書，難道他準(zhǔn)備自殺？這時，這個叫真中的男子醒了過來，可他卻失去了記憶，光彥認(rèn)為他一定是遇到困難所以才想不開，便決定幫助他，但隨著調(diào)查的深入，柯南卻發(fā)現(xiàn)了一個陰謀……

沒過一會兒，柯南就收到了園子被人搶走的手機(jī)傳來的簡訊，雖然還不知道傳簡訊人的意圖，但柯南卻察覺到事有蹊蹺，他立刻打電話給小蘭讓她注意安全。與此同時，他還解開了博士留下的暗號，根據(jù)這個暗號的設(shè)計(jì)原理，他突然想起了死者見山所留下來數(shù)字的含義，然而，此刻遠(yuǎn)離柯南的園子和小蘭就在兇手的車子上……

柯南和小蘭遇到了正在辦案的高木警官，對于命案異常敏感的柯南立刻就進(jìn)入了推理狀態(tài)，死者是工廠社長北村，他被人用刀刺向了胸口，警方很快就抓捕了嫌疑人南田，雖然案發(fā)當(dāng)天他來找過北村，但兇器上并沒有發(fā)現(xiàn)他的指紋，更奇怪的是，兇器刺入的角度不符合常理，即便如此，警方認(rèn)定他就是兇手，可是他到底采取了什么犯案手法？

大家找到校長詢問他下雨的時候是否出現(xiàn)在操場，沒想到卻得到了否定的回答，為了證實(shí)校長的說法，柯南又來找了在保健室休息的世古國繁，因?yàn)樗c保坂從小一起長大，所以又了解了更多關(guān)于保坂的事情，這時，小蘭在走廊的木板上發(fā)現(xiàn)污漬，柯南將這些污漬與操場上出現(xiàn)的刮痕相聯(lián)系，沒錯，制造靈異事件的就是那個人!