警方聽過答錄機(jī)里的留言后，分別向留言的蓬田、檜垣和稻葉打電話確認(rèn)，發(fā)現(xiàn)每個(gè)人都有不在場證明，雖然警察沒有頭緒，但柯南卻早已知道兇手是誰，可介于小林老師的暗中觀察，柯南不能表現(xiàn)的太過明顯，于是，他將自己的推理簡單告訴元太他們，讓他們分擔(dān)必要的說辭，提醒警察逐一排除其他兩名嫌疑人犯案的可能，那么，最有可能犯案的就是他！

大家找到校長詢問他下雨的時(shí)候是否出現(xiàn)在操場，沒想到卻得到了否定的回答，為了證實(shí)校長的說法，柯南又來找了在保健室休息的世古國繁，因?yàn)樗c保坂從小一起長大，所以又了解了更多關(guān)于保坂的事情，這時(shí)，小蘭在走廊的木板上發(fā)現(xiàn)污漬，柯南將這些污漬與操場上出現(xiàn)的刮痕相聯(lián)系，沒錯(cuò)，制造靈異事件的就是那個(gè)人!

在趕來支援的FBI的幫助下，柯南他們將獨(dú)自駕駛摩托的水無包圍，然而，馬路上卻出現(xiàn)了一個(gè)撿球的小男孩，為不傷害小孩，水無出車禍?zhǔn)軅?。另一邊，今恩在水無換下的衣物里發(fā)現(xiàn)了粘在鞋底的發(fā)信器和竊聽器，便臨時(shí)決定變更目標(biāo)向米花鎮(zhèn)駛?cè)?，柯南察覺到他們的行動(dòng)，意識(shí)到小五郎性命堪憂，也匆匆趕往米花鎮(zhèn)，而此時(shí)黑衣組織已經(jīng)瞄準(zhǔn)了小五郎……

13年前，發(fā)生過的國友淳大的沉船海難事件和公館全體工作人員的家屬死亡事件漸漸的浮上水面?？履险J(rèn)為有恐高癥的波花不會(huì)接近關(guān)口被殺的3層的陽臺(tái)，所以很難行兇。同樣茂子，綿引，赤冢也有奇怪的習(xí)慣和病癥，都不太可能是殺害關(guān)口的犯人。而在藥瓶上檢測出來的未知的指紋更使兇手的身份疑團(tuán)加深，但是在柯南的推理下最終確定了兇手的身份。

柯南在舊大社車站找到了可以證明江角案發(fā)時(shí)不在場的目擊證人，幫江角洗清嫌疑之后，福間也不在隱瞞而說出了事情的真相，其實(shí)在他到達(dá)現(xiàn)場的時(shí)候，鱷淵已經(jīng)死亡，在尸體身邊他發(fā)現(xiàn)了江角的項(xiàng)鏈，于是，就出現(xiàn)了兩人互相包庇的戲碼。既然鱷淵并非這對(duì)情侶所殺，那么兇手就在藤江和石飛之間，即使他們兩人都有不在場證明，真相也永遠(yuǎn)只有一個(gè)！