小五郎，柯南和小蘭三人在前往泡溫泉的路上遇到了一起交通意外，其中駕駛紅色車子的速水當場死亡，另一位車主車谷整司則身受重傷，據當地交警說發生車禍的原因可能是因為沖撞路線現象，但柯南卻并不認為這是單純的交通事故，因為他之前曾在便利店見過這兩輛車子，當時明明是開往不同的方向為什么會如此巧合的發生相撞，調查之后，事情果然如他料想一般，這是一起有預謀的殺人案。

為了出席宴會，小五郎來到一家理發店刮胡子，這里除了店長還有一名正在敷臉的客人，就在小五郎享受敷臉的時候，店內突然發生巨響，他和那位客人拿掉毛巾后，發現店長已經橫尸躺在了地上，在尸體的旁邊有一個假發和飛鏢，根據這些警方將嫌疑犯鎖定在飛鏢愛好會中的三名成員，而且三個人都有犯罪的動機，這時，步美提供了重要的證詞，柯南也發現了事情的真相，沒錯，兇手就是他！

解決了暗號事件回到日本的柯南終于恢復了正常的生活，在放學回家的路上元太提議大家進入即將拆遷的大樓內來玩捉迷藏。就在這時元太發現有奇怪的敲打墻壁的聲音，柯南發現這是有人發出的求救聲音，就在他們在搜尋的過程中發現了在檢查大樓的兩個工人。兩人告訴柯南他們那是他們發出的響聲不用在意但在柯南的推理下少年偵探團們開始尋找被困的人，就在這時之前的檢查工人卻抓住了小哀，究竟應該這應該辦！

大和警官和柯南等人立刻找到剩下的三個嫌疑人展開詢問，可是每個人都有不在案發現場的證明，與此同時，只身一人在公館思考赤壁之謎的高明遭到了兇手的襲擊，在失去意識之前他向大和傳了一條“孔明之死”的訊息，當柯南他們趕到公館后這里已是熊熊大火，所幸上原由衣及時將高明救出，把他送到醫院的時候，小蘭對醫生們不同顏色的衣服表示好奇，而這個問題正好給了柯南和大和提示，讓他們破解了赤壁之謎！

福爾摩斯默示錄(LOVE is 0)為了盡快解開這張充滿危險氣息的暗號文字，柯南、阿笠博士、小蘭和小五郎兵分兩路分頭調查，在貝克街福爾摩斯的雕像下小蘭還遇到了著名網球選手格拉斯。下午與戴安娜女士共進晚餐的時候柯南和阿笠博士人不見蹤影，于是小蘭外出尋找，期間她打電話給工藤希望借助他的力量解開暗號，這時，大本鐘響起，破解第一行暗號的工藤卻在無意之中暴露了自己在倫敦的事情。