一個(gè)名叫護(hù)田的男子來到毛利偵探事務(wù)所。說是要找亡妻的手表，但當(dāng)他聽到毛利小五郎的名字時(shí)又打算逃走，此時(shí)少年偵探團(tuán)的各位自告奮勇接受委托。在尋找亡妻的手表的過程中護(hù)田的房東出月在房間里看電影。突然在那個(gè)房間傳來有東西破碎的聲音后出月竟然被花瓶砸死！看似是外部作案的現(xiàn)場卻遺留了眾多的疑點(diǎn)。

霧之峰賓館的主人寺院晚上開車出去兜風(fēng)，第二天在停車場發(fā)現(xiàn)坐在車子里的寺院已經(jīng)死了。在調(diào)查的過程中發(fā)現(xiàn)每個(gè)人和寺院似乎都有過節(jié)?？履习l(fā)現(xiàn)車罩上裂痕的疑點(diǎn)，而停車場看守的證詞又增加了疑團(tuán)。最終柯南發(fā)現(xiàn)了犯人的犯罪手法并當(dāng)場演示給眾人，而殘留的焦油也暴露了兇手的身份。

金澤氏由于被迷樣的狙擊者所威脅，委托小五郎調(diào)查。小五郎等人到了建筑師金澤氏的別墅。大家在巴比0時(shí)突然聽到槍聲，循聲去看時(shí)金澤氏已經(jīng)被殺害。毛利和警官發(fā)現(xiàn)了兇手殺人的機(jī)關(guān)推測犯人可能是外部人員但在柯南的調(diào)查下發(fā)現(xiàn)了兇手就是在島上的內(nèi)部人員。在罪證面前兇手最終承認(rèn)了罪行同時(shí)道出了因?yàn)榻饾赏当I自己設(shè)計(jì)而最終走上不歸路的事情。

茂木認(rèn)為小五郎是兇手而開槍將他射傷，當(dāng)前來“黃昏別館”的所有名偵探都命喪黃泉時(shí)，電腦上居然出現(xiàn)了一行關(guān)于寶藏的信息，一直躲在監(jiān)視器操控室的神秘幕后黑手終于按捺不住露出了真面目，沒想到這個(gè)人居然是……柯南引導(dǎo)她說出了整件事的真相，而這時(shí)，本應(yīng)死去的偵探們居然都出現(xiàn)在門口，可到底是怎么回事？這棟別墅的寶藏又是什么？

柯南，小蘭和小五郎一行三人到飯店避暑，正巧在這里碰到了和其他律師一起來這里度假的妃英理，當(dāng)晚為了找尋酒醉未歸的小五郎，竟然發(fā)現(xiàn)了死在密室里的律師律子，然而糟糕的是，小五郎竟然就睡在這個(gè)房間里，于是小五郎就以案件重要關(guān)系人的身份被帶回了群馬縣警局，佐久作為辯護(hù)律師一同前去，而柯南和妃英理等人則留在現(xiàn)場進(jìn)行調(diào)查。