貴和子的未婚夫雅彥打來電話希望朋友們可以把保險(xiǎn)證送到醫(yī)院，于是，一群人便驅(qū)車趕往醫(yī)院，途中柯南從小蘭和她媽媽妃英理的談話中得到啟示，趕到醫(yī)院時(shí)貴和子還沒有脫離危險(xiǎn)，柯南麻醉小五郎后，讓大家來到院長室將整個(gè)案件的來龍去脈詳細(xì)分析，并找出了蓄意謀害貴和子的兇手。

半年前銀狐在完成了一件不露痕跡的暗殺后，消失匿跡。某日，一個(gè)叫潮文造的房屋中介公司社長，來事務(wù)所委托小五郎找出銀狐，接受了他的委托后，柯南和小蘭也隨他們一起來到丹原山，進(jìn)行登山活動(dòng)，同行的還有五個(gè)登山者高梨恒、平井健一，能勢(shì)新吾、三枝恭子和河邊晃，而銀狐很可能就在其中，第一條命案很快就發(fā)生了，當(dāng)晚，小五郎也遭到襲擊……

小蘭，園子和柯南在溜冰場(chǎng)認(rèn)識(shí)了五個(gè)自稱是陶土射擊愛好者的朋友，就在大家等待看煙火的時(shí)候，洗手間卻傳來園子的尖叫，大家慌忙趕到現(xiàn)場(chǎng)時(shí)，看到的卻是千尋遭人用散彈槍擊中胸部倒坐在洗手間的慘狀，她的尸體旁邊留下了一個(gè)用血寫成的S狀文字，于是小五郎推斷這個(gè)英文字母代表著「兇手就是佐野泉」的信息，但高木和目暮警官卻推翻了他的猜測(cè)，之后，警方在死者的攜帶行動(dòng)電話上發(fā)現(xiàn)了KIX的字樣。

少年偵探團(tuán)不小心將棒球打到隔壁別墅的院子里，撿棒球的時(shí)候卻被別墅的主人綿貫義一趕了出來，在回到偵探事務(wù)所的路上，大家碰到一個(gè)跟假面超人里鼴鼠星人很像幸田正夫先生，他說他妹妹一個(gè)月前突然下落不明，一定是被綿貫殺掉埋在院子里，待他離開后。少年偵探團(tuán)偷偷溜進(jìn)院子挖尸體，這時(shí)，珠寶店發(fā)生搶劫案，兇手正是幸田正夫，他的目的到底是什么。

小五郎受學(xué)生時(shí)代認(rèn)識(shí)的房東太太宗田光江之托，開導(dǎo)她最近不知為何事而消沉的孫子阿真，數(shù)次敲門無人回應(yīng)，光江用備份鑰匙把門打開，卻發(fā)現(xiàn)屋內(nèi)一片狼藉，而且墻壁上還涂滿了用紅色蠟筆畫的線，大家在浴室發(fā)現(xiàn)了割腕而死的阿真，光江讓柯南找來醫(yī)科大學(xué)的房客城戶，但已經(jīng)為時(shí)已晚，小五郎斷定這是自殺案件，但光江和柯南卻認(rèn)為是被人抹殺，這時(shí)，大家注意到了在建筑模型里的鑰匙，也就是說這是密室殺人事件！