阿笠博士的金龜車在半路拋錨，導致他和灰原只能在路邊等便車，碰巧這時來了一輛前往東京的車子，車主是一對古怪的情侶，并且灰原還在車內發現了彈孔和血跡，更恐怖的是她聽到這對情侶說要找到柯南把他弄個半死之類的話，驚恐的灰原趁機打電話向柯南求救，沒想到一直按照柯南指示的她竟然被這對情侶抓個正著，這兩個人是黑暗組織成員嗎？柯南又是出于什么原因讓灰原和博士乖乖被抓？

小五郎帶柯南和小蘭去菜園屋頂的時候，發現了其中一塊菜田主人中村的尸體，表面上看像是因為腳底打滑磕到了后腦勺的意外死亡，但柯南察覺到了其中的蹊蹺，警察找來屋頂菜園的其他三名種植者進行偵訊，每個人都沒有不在場的證明，并且其中一人的供詞卻引起了柯南的注意，當大伙兒再次來到菜園進行現場調查時，柯南發現了一塊奇怪的磚頭，而這無疑是找出兇手的關鍵線索。

天來到公園驚醒樂隊指揮訓練的步美總是會遇到一個奇怪的人，這天在少年偵探團的各位陪同下步美又一次遇到這個醉酒的跟蹤狂。第二天當她們再次來到這里時卻發現這個叫做與田的男人的尸體！看似是醉酒事故，但在詢問了死者的同事之后得知死者恐高的事實。最終在調查現場后柯南確定了此次是殺人事件并找出了兇手的真實身份。

根據巖石上的暗號以及死者潛水表上刻意抹去的字，步美、光彥和元太三人展開了討論，雖然沒有揭示出這些信息的含義但柯南和沖矢昴卻從他們那里得到了啟示，就在與死者一起潛水的三個同伴吵鬧著要離開一角巖時，警察卻在柯南的提醒下找到了殺人犯，沒想到兇手竟然以步美為人質想要逃脫抓捕，所幸沖矢昴出手相救，然而這個成為大家英雄的人卻總給灰原一種無形的壓迫感。

小五郎為錄制日賣電視臺的旅游節目來到了宮島，然而在拍攝期間，制作單位的工作人員卻接二連三發生奇怪的事件，柯南發現這些案件的發生與宮島七大不可思議傳說相對應。途中，大家結識了紅葉饅頭店彌山屋的彌生小姐，并且得知四處調查工作人員的神秘男子似乎就是她的哥哥紳六，紳六在尋找兩年前跌落懸崖死亡的雙親后就突然消失，難道這件事與日賣工作人員有什么關聯？