7年前杯戶街上發(fā)生了一起搶劫殺人案，案件當(dāng)時(shí)只有一個(gè)目擊證人，那就是5歲的小女孩友里未央奈。7年后小五郎帶著蘭和柯南一起來(lái)到鳩笛莊度假，友里未央奈正是鳩笛莊女主人的女兒。來(lái)度假的客人井出正也無(wú)意間談起了7年前很熱門的特?cái)z劇彗星假面超人比恩，這讓友里未央奈陷入了恐慌之中，因?yàn)楫?dāng)年那起搶劫殺人案的犯人戴的就是假面超人比恩的面具。

柯南所在的班里來(lái)了一位新老師名叫若狹留美，若狹老師想在體育課前用石灰畫線，卻發(fā)現(xiàn)石灰已經(jīng)用完了。柯南告訴若狹老師舊倉(cāng)庫(kù)里可能有石灰，元太和光彥開(kāi)玩笑說(shuō)舊倉(cāng)庫(kù)有幽靈出沒(méi)，若狹老師感到很害怕，便拜托少年偵探團(tuán)一同前往舊倉(cāng)庫(kù)。在尋找石灰的過(guò)程中，柯南發(fā)現(xiàn)一扇通往地下的門，眾人合力打開(kāi)門后，卻驚人地發(fā)現(xiàn)了一具骸骨……

正在公園里踢足球的少年偵探團(tuán)突然聽(tīng)到一聲慘叫，房間里沖出來(lái)一個(gè)人慌張的讓他們報(bào)警，此人正是受害人小久保女士的侄子。所有可能殺害小久保女士的人都有著不在場(chǎng)證明，就在眾人一籌莫展時(shí)，小久保女士生前飼養(yǎng)的八哥引起了柯南的注意，這只一直口出惡言的八哥為解開(kāi)案件提供了關(guān)鍵的線索。

根據(jù)友寄夫人的回憶，寫有打開(kāi)機(jī)關(guān)盒方法的紙條被丈夫藏在了某本書中，眾人紛紛開(kāi)始查閱圖書館中的藏書。柯南在回憶友寄夫人所言之后，頓悟了紙條被藏匿的方法，并推理出紙條所在的書籍。正當(dāng)眾人齊心協(xié)力想要從書中找出紙條時(shí)，圖書館突然停電陷入一片黑暗，柯南等人趕緊前往放置機(jī)關(guān)盒的展廳，卻發(fā)現(xiàn)基德早已留下卡片逃之夭夭。

周六早晨頓比町公園內(nèi)發(fā)現(xiàn)了命案，勒索恐嚇慣犯勝井優(yōu)死亡，逐一排查嫌疑人后廣瀨純子小姐主動(dòng)承認(rèn)了自己的罪行，但毛利小五郎卻因?yàn)榇耸聛?lái)到了警署。在案發(fā)當(dāng)天八點(diǎn)的時(shí)候毛利小五郎在米花町看到了廣瀨小姐，這一點(diǎn)讓廣瀨小姐有了不在場(chǎng)證明，但聽(tīng)到毛利的陳述后廣瀨小姐卻非常驚訝，柯南得知后認(rèn)為此事并沒(méi)有那么簡(jiǎn)單。