小林老師在圖書館里發(fā)現(xiàn)了一個牛皮錢包，那里放了小學(xué)一年級時小蘭留的字條。事情追溯到十年前，為證實謠言的真假，小蘭和新一夜訪校園，不想?yún)s在學(xué)校圖書館遇到了一個自稱是新一弟弟的神秘男子，他向新一發(fā)出挑戰(zhàn)并在留下了一個裝有暗號的牛皮錢包后離開。于是，新一和小蘭二人就在阿笠博士的幫助下展開了解謎暗號的尋寶之旅！

柯南和小蘭來到妃英理的事務(wù)所，期間，女子柔道冠軍有沢悠子前來拜訪，為了商量讓她丈夫困擾的跟蹤狂事件，一行人準(zhǔn)備前往有沢家調(diào)查，不想出發(fā)前，她的丈夫說自己正在參加朋友的守靈可能會晚點回去，于是大家決定吃完晚飯再去會面，沒想到當(dāng)柯南他們?nèi)缂s到達(dá)時，有沢的丈夫已經(jīng)陳尸家中，柯南和妃英理都察覺到有沢悠子很可疑，可是她卻有不在場證明。

茱蒂老師以卡梅隆搜查官女朋友的身份出現(xiàn)瞞過了木暮警官，這時，警方找到了一個裝有雨衣和兇器的紙袋并且還在死者的便簽本上發(fā)現(xiàn)了一句疑似死亡訊息的話，根據(jù)這些線索，就連第一個發(fā)現(xiàn)尸體的女秘書也成了懷疑的對象。另一方面，水無憐奈雖然重新回到黑暗組織，卻遭到組織的懷疑，為了證實她是否被FBI所籠絡(luò)，組織派給她一件任務(wù)，那就是殺掉赤井秀一。

沒過多久，綁匪就打來電話威脅柯南他們盡快找到寶藏，不然難保灰原他們安全。人命關(guān)天，柯南絞盡腦汁想要破解暗號，他發(fā)現(xiàn)萩市地圖與貓圖相吻合，而貓眼的地方就是線索的所在，于是，他們來到了円政寺，并在這里找到了日記中被撕掉的一頁，柯南將這些零散的圖片拼接成一條路線，大伙兒照此地圖找到了一個地下山洞，就在寶物將要到手之時，黑衣人綁匪出現(xiàn)……

小五郎、柯南、小蘭和白鳥一行人應(yīng)本城之邀，前來參加葡萄酒協(xié)會會長廣瀨的70歲壽宴。宴會開始前，柯南和小蘭兩人遇到了發(fā)生爭執(zhí)的本城和赤丸，并且在搭乘纜車的時候，柯南還目睹了本城殺害赤丸的場景，于是，他迅速趕往現(xiàn)場，卻發(fā)現(xiàn)尸體早已被本城轉(zhuǎn)移。然而，品酒環(huán)節(jié)的一個紕漏，讓柯南推斷出了事情的真相，他巧妙用計將本城的罪行公之于眾。