柯南回家后小蘭就告訴他，自從放寒假瑛祐就失去了聯系，而在此之前小蘭從他那里聽說，他好像在杯戶中央醫院找姐姐的時候發現了關于自己父親線索，柯南急忙找到茱蒂老師商量對策，并推斷出他的父親就是被黑暗組織殺掉的CIA諜報人員，隨后，柯南一行人趕到醫院向護士詢問英祐的事情，沒想到竟然還有另一個人像英祐一樣在這家醫院打聽水無憐奈的事情。

就在媒體哄作一團采訪及川的時候，柯南獨自展開了調查，他從守畫室的門衛那里得知了及川在案發前的小動作，之后又在屋后發現了釣魚線，受到高木警官魔術的啟示，柯南破解了兇手的作案手法同時也得知了《青嵐》的所在，他利用老方法將小五郎麻醉并重現案發時的場景，最終將犯人繩之以法。案件了結以后，柯南雖戳破基德的偽裝，但這次他能抓到基德嗎？

柯南他們很快就找到了被害者們常去的麻將館，并從老板那里得知，曾有一個叫鬼保獨郎的人與平棟堂次發生過沖突，抓到嫌疑犯后，高木警官便前去找曾聽到兇手聲音的鍋井永貴做指認，沒想剛進門就被人打昏。另一邊，柯南因為步美一句玩笑話，突然想通了Z的含義并說兇案早在十五年前就結束了，此次兇案的發生不過是模仿犯所為而兇手就在被害者的家屬之中。

簡單問過案情之后，小五郎隨警方來到案發的二樓進行查看，根據死者頭部的槍傷，推斷出兇手的身高應該在在180cm左右，雖然船本先生有嫌疑但卻低于死者，種種推斷都否決了船本殺人的可能，然而，柯南卻在他輪椅上發現了蔥，沒錯，兇手就是他，可是他到底是如何犯案？消失的珍珠項鏈又被如何處理了？

著名畫家及川武賴四部曲作品當中的最后一幅《青嵐》被怪盜基德盯上，柯南、小五郎也因此被請到了及川府，然而那幅畫竟然在設有監視器的畫室里瞬間消失不見，與此同時，及川的岳父風景畫大師神原也被發現死在這個房間內，難道兇手是從不殺人的基德？之后及川在柯南的后衣口袋中發現了基德留下的卡片，但柯南一眼就看穿了他的把戲，并推斷出基德就在四名警察之中。