警方在繩子和藥瓶上發(fā)現(xiàn)的指紋居然不是屋子里任何一個(gè)人的，那么就排除了他們犯案的可能，再休息之前柯南建議警察再次對(duì)他們每個(gè)人的怪癖進(jìn)行調(diào)查確認(rèn)，然而，卻并沒有發(fā)現(xiàn)有何異常，案件一度遭遇瓶頸，到底是忽略了哪里的線索？這時(shí)，小蘭無意中的一句話提醒了柯南，原來犯案的不止一人。

情況危急，柯南立刻給江尻做人工呼吸，并讓阿笠博士帶著他搭乘漁夫井田的船趕往醫(yī)院，當(dāng)白根和金谷想要一同前往時(shí)，柯南卻出口阻撓，因?yàn)檫@起案件是蓄意謀害，而在這條防波堤上的所有人都有犯案的可能，現(xiàn)在能做的就保護(hù)犯案現(xiàn)場(chǎng)等待警察的到來。期間柯南對(duì)現(xiàn)場(chǎng)進(jìn)行調(diào)查發(fā)現(xiàn)了一些線索，并在阿笠博士打來電話報(bào)告情況后，排除了井田犯案的嫌疑，那么制造這起案件的就是白根和金谷中的一人。

為了做天體觀測(cè)，阿笠博士帶著少年偵探隊(duì)來到一個(gè)坐落在深山里的旅館，期間結(jié)識(shí)了旅館老板天土，以及應(yīng)邀而來的野之宮悅子、二川和御上。就在大家準(zhǔn)備上山看星星的時(shí)候，居然發(fā)現(xiàn)了一具已經(jīng)化為白骨的尸體，死者還故意留下了死亡訊息——六根煙頭，當(dāng)晚，二川的尸體被少年偵探隊(duì)發(fā)現(xiàn)，并且他的手中也握著煙頭。

公演不能終止，可是主演蓮華卻還是沒有下落，情況緊急，小蘭自告奮勇決定暫時(shí)擔(dān)任輝夜姬一角。于是，少年偵探隊(duì)出動(dòng)，他們和玉之助一起幫忙找人，期間還遇到為給歹徒送錢而被打昏的片岡秘書大貫，面對(duì)人財(cái)兩空的狀況，柯南能否找到蓮華？《竹取物語》又能否完美謝幕？

小五郎和柯南一起推斷這三個(gè)字的含義卻毫無頭緒，水無一句無意的話提醒了柯南，于是他打電話給警局確認(rèn)，不想事情真如他想的一樣，原來這是高木警官在這里執(zhí)行任務(wù)無聊時(shí)寫的，接下來就是門鈴之謎，翌日門鈴再次響起，不過這個(gè)按門鈴的人卻被柯南抓個(gè)正著，沒想到居然是……本以為一切都結(jié)束了，柯南卻從無意中粘在水無鞋上的竊聽器得知，她居然是黑衣組織的人。