綾乃在休息日應(yīng)邀來到了美冬家，誰知在門口時卻聽到了屋內(nèi)的爭吵聲以及美冬的慘叫，終于打開門的綾乃只看到了美冬的尸體和房內(nèi)凌亂的腳印。匆忙逃命的綾乃在路口撞上了柯南和毛利并帶他們來到了案發(fā)地，而當(dāng)柯南他們順著屋內(nèi)遺留的線索找到“兇手”田端時卻發(fā)現(xiàn)對方竟然已經(jīng)死亡。

柯南在靈車中發(fā)現(xiàn)了遺失的遺囑，小蘭和少年偵探團趕到會場后才發(fā)現(xiàn)葬禮已經(jīng)結(jié)束，而靈車正開往火葬場。情況十萬火急，小蘭等人在尸體火化前趕到了火葬場，而棺材內(nèi)卻并沒有找到柯南，在大家束手無策時又傳來了柯南的訊息。靈車有兩輛，而載著柯南的老舊靈車正駛向報廢場，在不知道靈車內(nèi)有人的情況下柯南的處境十分危險。

為了打開藏有珍貴月長石的機關(guān)盒，鈴木次吉郎準(zhǔn)備在鈴木大圖書館將機關(guān)盒展出，并邀請各界人士前來打開機關(guān)盒。同時，他也向怪盜基德發(fā)出了邀請，希望借此機會吸引基德并將其繩之以法。收到邀請函的基德如約而至，正當(dāng)眾人專心致力于打開機關(guān)盒時，基德已偷偷偽裝成其他人的模樣伺機以動。柯南能否順利找出基德真身？

柯南和平次傳來歷史學(xué)家的死訊，眾人陷入恐慌，并認(rèn)為是怪物鵺在作怪。平次吩咐大家各自回房不要出門，考古學(xué)家主動要求與小蘭交換房間。眾人回房后，柯南與平次在院子里和村長詢問細(xì)節(jié)，院子卻突然再次著火，與此同時樓上的考古學(xué)家似被不明物體擊中，慘叫一聲后倒在房內(nèi)，待柯南等人趕到時已經(jīng)喪命。經(jīng)過一番調(diào)查和推理，柯南和平次似乎有些眉目，而那只被大家遺忘在家中的狗突然引起了二人的注意。

目睹柯南墜崖的眾人陷入了痛苦和無助之中，警察署的搜查工作也一籌莫展，然而小哀卻覺得此事另有蹊蹺，便獨自上路尋找柯南。另一方面伊勢原在柯南的幫助下成功脫險，二人在山中的木屋與小哀相遇。在三人的設(shè)計和警方的幫助下，抓捕佐羅的行動圓滿完成。正當(dāng)眾人以為此事已畫上句點時，柯南卻發(fā)現(xiàn)案件仍有疑點……