柯南，小蘭和小五郎一行三人搭乘開往北海道的特快列車北斗星三號(hào)，在通過隧道的時(shí)候珠寶商人出云被人槍殺，兇手將車窗射穿跳出車外逃跑，之后警方又在隧道之中發(fā)現(xiàn)了疑似歹徒的男人，這宗命案的過程簡(jiǎn)直跟柯南的爸爸工藤優(yōu)作一篇未發(fā)表的推理小說一模一樣，期間一個(gè)言行奇怪的女人引起的柯南的注意，在柯南揭穿她的謊言后，她終于暴露了身份。

柯南、小蘭和小五郎去滑雪的時(shí)候，和扮演雪女的明子以及她的替身住在了同一家旅社，期間，小蘭曾看到雪山上有雪女出沒。大家在愉快的滑雪回來(lái)后，柯南注意到一同出去的明子和洋子卻并沒有一起回來(lái)，當(dāng)晚洋子邀請(qǐng)大家一起喝酒，明子因?yàn)榭人圆⑽磪⒓?，次日，洋子跑?lái)找小五郎說明子留下遺書自殺了，找到尸體后，柯南發(fā)現(xiàn)這根本就不是自殺，而是被人謀殺，兇手就是那個(gè)人！

柯南沒想到元太等人也悄悄的跟著他，這時(shí)，俊野提起哥哥曾打來(lái)電說自己和夏目漱石一樣的小說家在一起，柯南仔細(xì)想了想便明白哥哥想要傳達(dá)的信息。一家在警局旁邊的報(bào)社引起了少年偵探團(tuán)的注意，柯南斷定這就是俊野哥哥被囚禁的地方，但警察卻不相信他們的話，無(wú)奈之下，柯南用變聲領(lǐng)結(jié)給暮目警官打電話，于此同時(shí)，元太等人卻私自潛入了報(bào)社……

小蘭在去沖繩旅行的飛機(jī)上想起了一年前新一在飛機(jī)上首次處理命案的事情，當(dāng)時(shí)正值深夜，飛機(jī)上所有的人都在睡覺，突然傳來(lái)一聲尖叫，一名叫大鷹的男子在廁所被人殺害，碰巧目暮警官也在飛機(jī)上，于是新一和目暮警官一起對(duì)機(jī)艙上所有可疑的人進(jìn)行了調(diào)查，在尋找兇器無(wú)果后，新一想到兇器一定就在兇手身上。

小蘭為了讓她父母親之間的感情有機(jī)會(huì)復(fù)合，便策劃了一場(chǎng)海灘之旅，大家在這里認(rèn)識(shí)了幾名大學(xué)生，但其中一個(gè)叫貴和子的女生在潛水的時(shí)候被海蛇咬到而有生命危險(xiǎn)，之后，小蘭回想起自己看到的海蛇身上有兩個(gè)小翅膀一樣的東西，然而這個(gè)看似意外的事件，其實(shí)是有人蓄意操作。