委托人為表示感謝，招待小五郎三人溫泉旅行，他們?cè)诖畛藴娇h的列車上，遇到了兩名爭(zhēng)吵的醫(yī)生佐藤、伊達(dá)，期間伊達(dá)曾生氣離開。換乘休息的途中，警察在與湯之山線列車路線基本相同的花之街線列車上發(fā)現(xiàn)尸體，柯南洞察到伊達(dá)神情怪異有犯罪嫌疑，可他是怎么樣在兩趟不一樣的列車上游走殺人的？

小五郎等人代替感冒的阿笠博士到伊豆參加推理之旅。活動(dòng)規(guī)定，如果能夠找出推理之旅的主辦人就可以免費(fèi)住宿并可獲得一個(gè)包含某種病毒程序的磁盤。但是在旅途中不知什么人扮成暗夜公爵把柯南從欄桿上推了下去！之后柯南打電話詢問(wèn)阿笠博士關(guān)于程序的事情得知了病毒的事情。晚餐后回房間時(shí)柯南和小蘭偶遇和明子發(fā)生口角的前田并被前田邀請(qǐng)卻觀看夜景。就在這時(shí)暗夜公爵卻墜樓生亡！

在銀行的出租保險(xiǎn)箱里面，躺著銀行員工園田真知子的屍體，而且外面的鐵門還拉下，在外面還貼了一張報(bào)警就會(huì)引爆炸彈的紙。新一先將屍體跟室內(nèi)的狀況拍攝下來(lái)，并且要小五郎確認(rèn)倒在里面的女子是不是真知子。小五郎表示突然接到真知子的電話，請(qǐng)他到銀行來(lái)說(shuō)有事情跟他商量，可是當(dāng)他到銀行時(shí)，真知子就已經(jīng)倒在里面...

麗花身上有被捆綁的痕跡，柯南在調(diào)查中扭開水龍頭的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)水居然是從蓮蓬頭流出，確定了兇手之后，接下來(lái)就是找證據(jù)，柯南麻醉小五郎，借助小五郎的聲音讓三船、五條、六田、一枝脫下外套，更加確定了自己的推測(cè)，在黑暗的別墅中，柯南指出兇手，而兇手的殺人動(dòng)機(jī)則源于兩年前。

這天小五郎帶著小蘭和柯南到外面吃完飯時(shí)巧遇大學(xué)時(shí)代的同學(xué)大村。因?yàn)橛惺律塘克麄円煌搅舜蟠宓墓ⅰＴ谖堇锖炔枵f(shuō)話時(shí)，窗戶玻璃突然碎了而在樓下的馬路上突然有個(gè)男人倒地身亡。在警方調(diào)查下發(fā)現(xiàn)死者生田是在和同學(xué)聚會(huì)的途中出去后死亡的。而在勘察了現(xiàn)場(chǎng)之后柯南發(fā)現(xiàn)了犯人使尸體自動(dòng)摔下的手法并以小五郎的聲音揭露了犯人的犯罪手法。犯人最終承認(rèn)了罪行并坦白了自己殺人的原因。