曹操（鮑國安飾）只身前往陳留，拉起一支隊伍，推袁紹為盟主，聯合十七鎮諸侯討伐董卓。劉關張也參與了這次討伐。曹操、袁術等八路諸侯與呂布對峙于汜水關，呂布部將華雄殺得聯軍損兵折將。這時，擔任馬弓手的關羽請求上陣，并將華雄斬殺。曹操大喜，犒賞劉關張。八路諸侯乘勝出擊，劉關張三人合戰呂布，群雄圍攻，呂布大敗，逃至虎牢關上。

四代水影矢倉曾經用恐懼支配著村子，而神樂是矢倉的孫子，他一直認為自己體內流淌著劊子手的血，為此他放棄了繼承忍刀七人眾的稱號只愿輔佐長十郎，和博人相識改變了這一切。神樂下定決心繼承雙刀鲆鰈，并立志將其用于和平。但干柿尸澄真的出現讓這一切有了變數，他利用神樂的心理陰影推動反叛。

孫策（濮存昕飾）占領江東后，聲勢大震，常有攻打許都之心，許貢告密于曹操，被孫策兵馬抓獲。孫策與張昭游街的時候，遇見被民間稱為“神仙”的于吉，見城中百姓皆行跪拜之禮，大怒。在出城散心中碰到殺手，被刺傷。不久孫策傷勢見好，于吉又在城中施符水，正巧孫策正在召眾臣商討討伐許都之事，遂勃然大怒，一劍刺向于吉。于吉死后，孫策不久傷口復發而亡，其弟孫權統領江東。

電氣的忍術課成績很差，繼續下去他就要面臨留級的危機，不愿意留級的他無意間提到了一直沒能畢業的巖部。巖部并沒有因為電氣的言論生氣，他反而主動幫助不得要領的電氣，得知巖部的文化課沒有進展時電氣也伸出了援手，相互幫助的兩人都得到了提升。自信滿滿的巖部和電氣趕往考場，但在途中卻看到了火災現場。

佐助等人朝著信的巢穴前進，途中他們遭到了眾多克隆體的攻擊，雖是克隆體但鳴人并沒打算下重手，在鳴人壓制克隆體時佐助與佐良娜先行一步援助小櫻。確定信沒有同伙后小櫻展開了攻勢，在和佐助匯合后信被完全壓制，所有的克隆體全部集中到了信的周圍，但他們做的第一件事竟然是殺死了信，在信不知道的情況下克隆體們實施著自己的計劃。