555 鸛的探索之旅（追蹤陽菜篇）日文名字：こうのとりミステリーツアー（陽菜追跡編）對應漫畫：動畫原創收視率：10.9%播映時間：2009年11月14日簡介：住院的陽菜逃出醫院后乘上出租車。平次一邊聯絡在旅館的柯南，同時坐上出租車追蹤陽菜。和葉，少年偵探團，哀也乘坐其他的出租車緊隨其后。柯南推理認為陽菜把“彩虹之子”藏匿在某處，并猜測她正往那邊趕去。被關在車后備箱內的小蘭用BD徽章聯絡元太等人。柯南依靠徽章傳來的聲音推測小蘭所在的位置，然而…。

556 恐怖的交叉路口日文名字：恐怖の交差點對應漫畫：動畫原創收視率：8.3%播映時間：2009年11月21日簡介： 柯南和小蘭乘坐小五郎駕駛的租來的車前往溫泉。歸途中路徑農田地帶時，前方十字路口發生車禍。紅色進口車撞上綠色車，墮入運河后爆炸。而綠色車則卡在了路邊的廣告牌中。綠色車內的汽車技師車谷獲救，然而自由職業者速水的遺體被從紅色進口車內搬運出。由于該十字路口經常發生車禍，交通科的道田判斷僅為一起普通車禍，但柯南發現了可疑之處，推理認為并不是一起車禍事件…。

在東京的松陰神社，少年偵探團及時救下了被男子襲擊的小早川公子小姐，為了尋找她爺爺藏起來的足以買下國家價值連城的寶藏，大伙一起前往她的老家津和野在中途的新山口車站，遇到了自稱是公子小姐的朋友川子茂先生，但柯南和灰原注意到這并非他的真名，到達之后，他們又發現了新的暗號，順著線索來到了萩市，沒想到襲擊公子小姐的人那些人將灰原、光彥和公子小姐帶走。

554 鸛的探索之旅（搜索小蘭篇）日文名字：こうのとりミステリーツアー（蘭捜索編）對應漫畫：動畫原創收視率：9.6%播映時間：2009年11月7日簡介： 柯南和小五郎、小蘭、少年偵探團、哀一起來到城崎溫泉。小蘭與在小道遇到的少女一同行蹤不明。服部平次與和葉出現在搖擺不定的柯南等人面前。平次是接受那位少女，陽菜的父親田布施周平的委托來到此地。事件是昨天田布施美術館中，雕刻家半田夏穗的作品“彩虹之子”與陽菜一起不翼而飛。柯南和平次一同開始尋找小蘭…。

小林老師在圖書館里發現了一個牛皮錢包，那里放了小學一年級時小蘭留的字條。事情追溯到十年前，為證實謠言的真假，小蘭和新一夜訪校園，不想卻在學校圖書館遇到了一個自稱是新一弟弟的神秘男子，他向新一發出挑戰并在留下了一個裝有暗號的牛皮錢包后離開。于是，新一和小蘭二人就在阿笠博士的幫助下展開了解謎暗號的尋寶之旅！