發(fā)燒的小哀醒過來發(fā)現(xiàn)阿笠博士倒在了電腦之前，正當(dāng)小哀以為教授被黑衣人殺害的時(shí)候發(fā)現(xiàn)只是誤會。之后柯南，小哀和阿笠博士去拜訪了哀的父親宮野博士的朋友出島。他們認(rèn)為他可能多少知道一點(diǎn)黑暗組織的以及哀父親的行蹤，但是出島也已經(jīng)30多年沒和宮野博士碰頭了。但是就是最近宮野博士女兒明美曾來拜訪過，正當(dāng)柯南，小哀尋找明美留在這里的物品時(shí)出島卻意外死亡！

幸運(yùn)的是兩人都沒有受傷，演出也能順利進(jìn)行。然而，就在大家驚訝于華麗的舞臺和逼真的場景時(shí)，煙霧繚繞劇場內(nèi)卻發(fā)生了命案，死者是話劇的男主角，案發(fā)時(shí)，新一立刻跑到舞臺上并在那里發(fā)現(xiàn)了手槍和空彈殼，之后又想起了出現(xiàn)在舞臺上的紅色瞄準(zhǔn)線，但他卻不認(rèn)為兇手是從觀眾席殺人，反而肯定兇手當(dāng)時(shí)就在舞臺上，而嫌疑最大的就是和男主角糾纏不清的四名女演員。

追蹤光彥而來到群馬縣山中的柯南他們，得知一名連續(xù)殺人犯逃入了同一森林中。沿著小河走的光彥與推理中的柯南用偵探徽章呼叫他時(shí)，光彥被殺人犯逮著。哀告訴柯南沼淵原來是組織的成員。柯南正要告訴哀光彥來此的目的時(shí)，光彥的徽章聲音迫近了。終于在眾人找到光彥的時(shí)候驚訝的發(fā)現(xiàn)他和光彥在一起！原來兩人都只是為了來看螢火蟲。

警察局的小五郎案件調(diào)查被盜。迷般的黑色神秘組織也許就在附近?？履蠎岩杀瓚羰芯频暌苍S還有皮斯克的同伴，收集情報(bào)的美國女演員克麗絲。同時(shí)柯南與平次為刺探可疑的外國女性、英語教師朱蒂的情報(bào)，一起去朱蒂的家里。就在這時(shí)從公寓上有名男性墜樓。就在暮目警官準(zhǔn)備以自殺事件結(jié)案的時(shí)候平次指出了他殺的證據(jù)。

小蘭在英語課上開小差后被老師朱蒂發(fā)現(xiàn)，看到了『×』的標(biāo)記，但卻不知其意。放學(xué)后，園子同朱蒂與柯南一起去咖啡店。突然大廈內(nèi)停電，咖啡店邊的電梯發(fā)現(xiàn)男性的尸體。是誰被殺了，而在死者隨身帶著的資料帶上有用血書寫的『○×△』又有什么意思？是被害者留下的暗示嗎，柯南發(fā)現(xiàn)死亡信息的不同之處，是否解開了死亡信息的謎題？