柯南小蘭等人在修好高中看棒球賽時(shí)，理事長(zhǎng)室的優(yōu)勝錦旗被人割破，就在大家議論誰是犯人時(shí)，棒球隊(duì)主投小偉自首說這件事是自己做的，而他的母親卻說是她做的，柯南認(rèn)為事情不會(huì)那么簡(jiǎn)單，便和園子偷偷溜到理事長(zhǎng)室，仔細(xì)觀察了錦旗后，他知道了犯人是誰，并利用變聲領(lǐng)結(jié)將大家叫到理事長(zhǎng)室揭露了兇手。

柯南在朋友們?nèi)D書館做讀書報(bào)告時(shí)，警察突然來詢問圖書館職員玉田失蹤一事，館長(zhǎng)津川表示自己也不清楚，警察做了簡(jiǎn)單的搜尋后離開。但少年偵探團(tuán)留到夜晚做深入調(diào)查，期間館長(zhǎng)曾鬼鬼祟祟的來過一次，等他離開后，大家發(fā)現(xiàn)館長(zhǎng)在利用圖書館進(jìn)行販毒交易，當(dāng)他們找到被館長(zhǎng)殺害的玉田的尸體時(shí)，沒想到館長(zhǎng)也發(fā)現(xiàn)了他們，少年偵探團(tuán)能否順利脫險(xiǎn)？

小五郎三人陰錯(cuò)陽差的搭上了簱本家的豪華游輪，并遇到新婚夫婦夏江和小武，這時(shí)，簱本當(dāng)家豪藏找孫女婿小武談話，他識(shí)破了小武是自己害死的對(duì)頭財(cái)誠(chéng)勇夫的兒子。當(dāng)大家都在餐廳用餐時(shí)，突然傳來管家鈴木的慘叫，豪藏遇害，大家把矛頭指向小武并將他關(guān)進(jìn)倉庫，可是到了晚上，柯南又在夾板上發(fā)現(xiàn)了長(zhǎng)孫女秋江丈夫的尸體，被禁足的小武也不見了蹤影。

在酒店吃飯時(shí)，一個(gè)神色不安的人引起柯南的注意，柯南等人暗中跟蹤并進(jìn)一步詢問得知，此人名叫遠(yuǎn)藤，他的兒子被人綁架，為保兒子安全而沒有報(bào)警，小五郎決定幫他。次日，犯人打來電話要錢，遠(yuǎn)藤聽到了兒子說有螃蟹和鯨魚，這是找到犯人據(jù)點(diǎn)的唯一線索，小蘭、柯南和小五郎走街串巷的找有螃蟹和鯨魚的地方，柯南想起了漏掉的線索，順利找到有「螃蟹和鯨魚」的地方，將人質(zhì)解救。

柯南、小五郎和小蘭驅(qū)車去北海道看丹頂鶴，偶然認(rèn)識(shí)了飼養(yǎng)丹頂鶴的大伯，他邀請(qǐng)柯南他們?nèi)プ约杭胰胱。蟛牡艿馨⒈崆檎写麄儯驮谶@個(gè)時(shí)候大伯的兒子阿浩和女兒則子為財(cái)產(chǎn)的事兒而來。之后，柯南等人一起去泡了溫泉，回到屋子的時(shí)候發(fā)現(xiàn)大伯被人用十字弓射殺，而阿浩則跑去警局自首，但柯南依據(jù)自己對(duì)現(xiàn)場(chǎng)的勘查認(rèn)為兇手另有其人。