小說家萬田年久在旅館里趕寫小說，在編輯島木催稿離開房間后，萬田化裝成服務(wù)生，帶著貓咪諾貝爾離開了旅館。萬田路過柯南等人打簡易棒球的場地，進(jìn)入了弟子原本高平的家。萬田從代理作者原本那里得到原稿后，將其殺害了。而偶然將球打入的柯南一行進(jìn)入房間后發(fā)現(xiàn)了被殺的原本。柯南則發(fā)現(xiàn)了萬田的不自然。

554 鸛的探索之旅（搜索小蘭篇）日文名字：こうのとりミステリーツアー（蘭捜索編）對應(yīng)漫畫：動畫原創(chuàng)收視率：9.6%播映時間：2009年11月7日簡介： 柯南和小五郎、小蘭、少年偵探團(tuán)、哀一起來到城崎溫泉。小蘭與在小道遇到的少女一同行蹤不明。服部平次與和葉出現(xiàn)在搖擺不定的柯南等人面前。平次是接受那位少女，陽菜的父親田布施周平的委托來到此地。事件是昨天田布施美術(shù)館中，雕刻家半田夏穗的作品“彩虹之子”與陽菜一起不翼而飛。柯南和平次一同開始尋找小蘭…。

553 問訊室日文名字：ザ取調(diào)室對應(yīng)漫畫：動畫原創(chuàng)收視率：8%播映時間：2009年10月31日簡介：保護(hù)司櫻庭遇害，富樫剛走出拘留所即被逮捕。富樫是小五郎刑警時代逮捕的殺人犯。小五郎不敢相信過去是模范囚犯的富樫會在假釋當(dāng)天就犯下殺人罪行。得到目暮警官默許，小五郎決定在下午4點(diǎn)送審之前審訊富樫。期間柯南和高木刑警一起對現(xiàn)場進(jìn)行二次取證。柯南從目擊者的話中察覺到事情的真相…......。

赤井秀一按照約定來到會面地點(diǎn)，水無憐奈也早已等候在那里，她拔槍直接射穿秀一的肺部，之后又按照今恩的指示朝他的頭開槍，這時，巡邏警車趕來，水無憐奈在留下一枚炸彈后匆忙離開。當(dāng)FBI得知消息后，爆炸的車內(nèi)只剩下一具燒焦的尸體，在不暴露秀一身份的情況下，茱蒂確認(rèn)了那具尸體確實(shí)是赤井秀一，雖然損失巨大，卻保住了水無憐奈。

步美發(fā)現(xiàn)圖書館的書被人撕掉了一頁，氣憤的她決定找出“元兇”，根據(jù)借書卡的記載，柯南和步美找到了內(nèi)藤司，可他今天卻沒上課，與此同時，學(xué)校的巖石標(biāo)本也人被偷偷走，柯南認(rèn)為這可能是司所為，于是找到了他家，在查看了司的房間后，他們發(fā)現(xiàn)了一張寫有暗號的字條，少年偵探團(tuán)集結(jié)智慧，終于在大濱海灘找到了想要喚回逝去母親的司。