高木警官突然來電要找柯南，他說柯南是殺人事件的知情人。畫家北園青峰下午三點(diǎn)半左右在家被人殺害， 警方為了確定嫌疑人之一北園先生的弟子西山大樹的不在場(chǎng)證明把柯南叫來，因?yàn)槭掳l(fā)當(dāng)日西山將柯南和朋友們作為模特畫了一幅風(fēng)景畫。北園先生的兩位弟子和妻子都似乎與北園先生有過糾紛，這次的案件讓警察們陷入困局。

根據(jù)圖畫書中的線索，柯南等人得知還有其他炸彈存在。目暮警官馬上出動(dòng)全體警力前去搜查，不料卻發(fā)現(xiàn)其余的炸彈都只是爆炸犯捉弄警方的惡作劇，而真正的炸彈早已按照計(jì)劃在指定地點(diǎn)爆炸。正當(dāng)調(diào)查一籌莫展時(shí)，目暮警官突然接到匿名電話報(bào)警，稱自己發(fā)現(xiàn)了爆炸犯的藏身之處。而正當(dāng)眾人趕往此地時(shí)，據(jù)稱是犯人居住的地方卻再一次發(fā)生了爆炸……

找到失蹤的貓咪后小五郎和柯南拿著酬勞準(zhǔn)備去吃飯，但他們卻突然聽到尖叫的聲音，在樓下他們發(fā)現(xiàn)一對(duì)夫妻死在了家里。死在客廳里的是身中數(shù)刀的前原圣一，而他的妻子前原早紀(jì)則被捆綁在臥室的衣櫥里窒息死亡。警方探查之后認(rèn)為殺死圣一的正是他的妻子早紀(jì)，想要掩人耳目而把自己捆起來關(guān)入衣櫥的早紀(jì)卻遇到了意外，但真相真是這樣嗎？

利用步美找到的暗號(hào)解讀表，柯南本以為能順利解開暗號(hào)，不料卻遇到了瓶頸。正當(dāng)此時(shí)，若狹老師再次拜托少年偵探團(tuán)前往舊倉庫尋找石灰。來到舊倉庫的眾人發(fā)現(xiàn)倉庫一片狼藉，在若狹老師不經(jīng)意的提示下，柯南終于解開了暗號(hào)的含義，并推測(cè)犯人將再次來到舊倉庫。為了避免打草驚蛇，柯南設(shè)計(jì)誤導(dǎo)犯人，并在深夜與若狹老師等人再次來到舊倉庫，柯南能否順利將犯人一網(wǎng)打盡？

柯南從無人機(jī)上墜落后便失去了犯人的線索，就在眾人一籌莫展的時(shí)候佐藤警官打來電話，她稱發(fā)現(xiàn)了犯人。佐藤警官上前拘捕犯人卻反被挾持，柯南和高木等人趕到后協(xié)力制服了犯人，但手提包內(nèi)的1億日元卻不翼而飛。另一方面，本該被綁架的麻奈美小姐正在美術(shù)館欣賞裕之的作品，而這背后到底是誰在搞鬼？