旅館主人紫郎和弟弟金次迎接了來到“痊愈的森林”的柯南一行人，途中，柯南他們遇到了兄弟倆的父親龍藏，龍藏的蠻不講理讓柯南他們吃驚不小，但因牛奶投遞員藍(lán)子的出現(xiàn)，氣氛緩和許多。但就在幾小時(shí)后，龍藏在自己家被人殺害了。在調(diào)查現(xiàn)場(chǎng)后柯南找出了殺害龍藏的兇手，其實(shí)就是自己的親人，因?yàn)榈貌坏礁赣H贊同和支持而疼下殺手。

正當(dāng)少年偵探團(tuán)在西多摩郡龍神山游玩之時(shí)，突然從山上墜落一輛汽車。雖然看似事故，在柯南的提示下警方判斷這個(gè)事件不是事故而是謀殺。光彥偷偷的從事故現(xiàn)場(chǎng)拿到寫著暗語(yǔ)的紙條。從寫著暗號(hào)的紙片入手，光彥，步美，元太3人一起來到了暗號(hào)所指示的地點(diǎn)，在這里他們發(fā)現(xiàn)了大量被盜的車輛和先前謀殺案的兇手。

柯南等也到同一個(gè)餐廳吃飯，聽說與這幾個(gè)漁夫相約的人在海邊溺死了。伊豆海邊發(fā)生了殺人事件。柯南已經(jīng)確認(rèn)了犯人的真實(shí)身份并利用因?yàn)榕莸胶Ｋ餆o法確定死亡時(shí)間這個(gè)baga套出了犯人的話，面對(duì)現(xiàn)實(shí)，犯人最終承認(rèn)了自己的罪行。因?yàn)闅⑺懒俗约旱母赣H而懷恨在心，最終痛下殺手。但自己的這番行為卻得不到同伴的贊同發(fā)怒的兇手最終在小蘭的話語(yǔ)中認(rèn)識(shí)到自己的錯(cuò)誤。

晚到的杰拉爾·天馬被劍殺死，和天馬有過爭(zhēng)吵的加那善成為了頭號(hào)嫌疑人。柯南則在勘察現(xiàn)場(chǎng)的時(shí)候發(fā)現(xiàn)窗臺(tái)上不自然的痕跡，而鋼琴上奇怪的東西也吸引了柯南的注意，最終柯南揭穿了像謎一樣的人物的真面目同時(shí)也解開了殺害天馬的兇手所用的犯罪手法。在鐵證面前兇手最終承認(rèn)了自己的罪行并說出了殺人動(dòng)機(jī)。

小五郎等人在去海豚樂園的路上，遇到了幾位正在進(jìn)行大學(xué)同學(xué)聚會(huì)的女子。為了接另一位大學(xué)同學(xué)，他們一起前往海豚樂園飯店卻意外發(fā)現(xiàn)她們等待已久的藤村直美被殺害了。經(jīng)過調(diào)查之后柯南確認(rèn)了兇手的身份并向大家演示了兇手利用雪糕的犯罪手法。再自己留下的證據(jù)面前，兇手最終承認(rèn)了罪行。