為了完成寫生作業(yè)的少年偵探團(tuán)來到了米花市的郊外，在那里他們看到了草叢上的UFO，而這與一起殺人事件有著關(guān)聯(lián)。正當(dāng)柯南等人詢問高木警官時(shí)UFO的主人小沼博士出現(xiàn)了，在調(diào)查研究所時(shí)發(fā)現(xiàn)了死者和自己要好的大哥萬年先生都為大藏工作，小沼先生正好買了大藏的字畫，而身藏巨款的大藏臨死之前告訴死者和萬年的訊息便是UFO。

圍繞著由推理游戲急轉(zhuǎn)成的殺人事件，柯南在詢問過車內(nèi)有嫌疑的人后漸漸有了線索，事件背后的兇手終于露出了馬腳，正在他上演推理秀時(shí)卻有其他的事情發(fā)生。單獨(dú)出去的小哀至今未歸，而世良真純也被神秘人物電暈帶走，但這個(gè)車上還藏著不一般的人物，最后誰是贏家現(xiàn)在還沒有定論。

以幕末的長崎為舞臺(tái)，有坂本龍馬擔(dān)任的偵探而活躍的推理劇，正在負(fù)責(zé)寫腳本的編劇家耕作先生突然消失蹤影，只寫了一半的劇本則委托小五郎先生幫忙推理出劇中的真正犯人，調(diào)查了耕作房間的柯南等人發(fā)現(xiàn)了許多古董美術(shù)品竊盜團(tuán)的簡報(bào)，這一切似乎都有著隱情。失蹤中的耕作先生利用郵件將后續(xù)的劇本傳送過來，在劇本中出現(xiàn)了奇怪的臺(tái)詞。

柯南以工藤新一的身份聯(lián)系沢栗熏，并讓他拍照傳送這三位嫌疑犯的簽名書，期間，新一得知了沢栗熏的外號(hào)鶯鳥并推敲出了沢栗未紅取綽號(hào)的規(guī)則，根據(jù)死者生前在SNS留下的信息，新一知道了兇手是誰，但他卻無法冒著犧牲兩條人命的風(fēng)險(xiǎn)揭露真相，所幸警方的狙擊手已經(jīng)就緒，然而，小蘭卻做出了讓人吃驚的舉動(dòng)……

經(jīng)過不斷的調(diào)查，柯南和平次終于知道了這起事件的始末，而小光這時(shí)又收到了來自洋房主人的簡訊。假冒小光的合葉在小蘭的幫助下一同打倒了埋伏在南蠻房間里的兇手，敗露了行動(dòng)的兇手趁著昏暗的光線從暗道逃跑，被卡在暗道出口的他遇到的是平次和柯南，而兇手在燈光下顯現(xiàn)出來的臉是……