雖然對現場進行了調查，但警方無論如何都找不到決定性的證據，束手無策之時，小五郎提出了他的自殺論，并且得到了目暮警官的認同，就在警方準備以自殺結案時，話劇中的黑衣騎士突然出現，在否定了自殺論之后，他摘掉面具，而面具下面正是那張讓小蘭朝思暮想的面容，沒錯，真正的工藤新一登場，在進行了一番精彩絕倫的推理后，他卻再次昏倒……

小五郎詢問阿稔有關郵票的事情卻得到郵票已經不見了的回答，柯南也明白了小蘭看到的拄拐杖的老人的影子和埝被古琴毆打的真相。而柯南也指出春菜收到的音樂盒其實是秋悟托付給他人送出的。鬧鬼的屋子的真實原因其實是有人背后操作。而秋悟先生的音樂盒其實也只是一般的旅游紀念品而已，真正貴重的是隱藏在音樂盒里暗語所指示出的郵票。

某天突然神秘女子池波來到事務所說要尋找中學同學柴田。通過池波提供的照片小五郎很快就找到了柴田，他們一行人立刻去了柴田家。就在進入池田家的時候卻發現池田已經被殺害而死時手里捏著的正式池波年輕時的照片！而柯南對這位委托人不夠完美的說詞充滿了疑問。在不斷的調查中柯南發現神秘女子的疑團不斷增多，池波究竟是何方神圣？

看著奄奄一息的柯南，步美建議大家自己想辦法，三人按照石頭上的文字推斷出了出口方位又利用蝙蝠逃出了洞穴，歹徒也遭到逮捕。緊接著柯南被立刻送到醫院進行治療，又在小蘭碰巧知道血型的情況下給他輸了血，小蘭最近的奇怪反應讓柯南意識到自己的身份或許已經在小蘭面前暴露，就在他打算向小蘭坦白時，灰原拿槍對準柯南。

小蘭的母親妃英理為一起殺人事件的被告作辯護。擔當公訴人的女士是把英理視為對手的九條玲子。宇佐美堅持殺人事件發生時什么都不記得了。英理等人到宇佐美前妻經營的酒店去調查。小五郎說事件發生時宇佐美也在店里，但英里以醉酒為理由對此抱有懷疑的態度。而在柯南的分析下英里發現40分鐘的空白時間。最終小五郎是否會出庭作證呢？