在流水亭吃飯的時(shí)候，柯南再次遇到謀殺案件，死者是繩文大學(xué)的新井副教授，同行的兩人金田和巖間表示他們是為了慶祝新井晉升才來(lái)流水亭，調(diào)查后并沒(méi)有發(fā)現(xiàn)可疑人物出現(xiàn)在新井遇害的八號(hào)房，而當(dāng)時(shí)金田和巖間也都有不在場(chǎng)證明。但一切瞞不過(guò)柯南的眼睛，在查看了金田和巖間所在的三號(hào)房和送飯用的船只后，找到了兇犯難以逃脫的鐵證。

土屋益子雖然被認(rèn)為是因?yàn)榇蚱屏司沼倚l(wèi)門(mén)的新作“風(fēng)水丸”而內(nèi)疚自盡的，但柯南在看到現(xiàn)場(chǎng)的血跡時(shí)發(fā)現(xiàn)了不正常的地方，最終確定這是一起殺人事件并推理出了犯人的犯罪手法和兇手的身份。而在鐵證面前兇手也最終承認(rèn)了罪行，坦白了因不愿意益子繼續(xù)將自己的作品作為師父的作品來(lái)欺騙他人而殺人的事實(shí)。

次日，暮目警官來(lái)到石本的公司詢問(wèn)案件，石本說(shuō)出了自己曾被平岡威脅的事，本以為案子就以認(rèn)定平岡為兇手了結(jié)的時(shí)候，躲在社長(zhǎng)室的柯南發(fā)現(xiàn)曾與幸子見(jiàn)面的男子從屋子里拿走了一個(gè)遙控器，而這名可疑男子其實(shí)是幸子的男朋友柴田健一。小五郎讓所有案件相關(guān)人員來(lái)到派對(duì)現(xiàn)場(chǎng)并說(shuō)柴田就是兇手，可由于他的錯(cuò)誤判斷，柯南只好再次將他麻痹以找出真兇。

柯南向大家分析兇手是有目的的要?dú)⒛硞€(gè)人，這時(shí)，警察說(shuō)他們?cè)谀静衲抢镎业搅艘缓写艓Ш桶杏暌碌膬雌鳎?tīng)過(guò)磁帶之后，柯南揭穿了想要?dú)⑺懒x房的兇手敬子，但當(dāng)問(wèn)及真知子的死亡時(shí)，敬子卻矢口否認(rèn)，柯南說(shuō)兇手確實(shí)不是敬子而是另有其人，還沒(méi)待他講完案件，那個(gè)鬼鬼祟祟的墨鏡男出現(xiàn)了，他居然是……

和葉被人帶走不知去向，與此同時(shí)，柯南、服部和小五郎三人正對(duì)信一的死亡現(xiàn)場(chǎng)進(jìn)行調(diào)查，期間，女傭鹽谷給他們送來(lái)宵并講述了三年前所發(fā)生的事情。當(dāng)?shù)弥腿~被人擄走消息后，大家分頭尋找，最終在倉(cāng)庫(kù)里找到了纏滿細(xì)線的和葉，所幸生命沒(méi)有受到威脅。之后，柯南和服部又發(fā)現(xiàn)了襲擊和葉用的電擊棒和BB彈，再次返回案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)又找了新的線索，兇手就是那個(gè)人沒(méi)錯(cuò)！