與黑色組織面對(duì)面 滿月之夜的兩起神秘事件(之五)柯南昏倒，茱蒂受傷，蓓摩特的槍口指向灰原，千鈞一發(fā)之刻，一直躲在后車廂的小蘭突然沖出來，緊緊抱著灰原，面對(duì)這種意想之外的狀況，蓓摩特想起了往事而不忍下手，趁她分神的時(shí)候，與茱蒂同屬FBI的赤井秀一出現(xiàn)，雖然保護(hù)了無辜的人，但蓓摩特卻以柯南為人質(zhì)成功逃脫。途中柯南從昏睡中蘇醒，接下來就是柯南與蓓摩特的單獨(dú)對(duì)峙，他能否根據(jù)蓓摩特的電話找出黑暗組織的boss？

朱蒂準(zhǔn)備辭去學(xué)校英語(yǔ)老師工作回美國(guó)。小蘭和園子為朱蒂舉辦了送別晚會(huì)，在去找中學(xué)同學(xué)七川的時(shí)候卻發(fā)現(xiàn)她正被打工的便利店里的訓(xùn)斥。為了洗清朋友小偷的嫌疑，小蘭她們開始尋找沒有留下一點(diǎn)痕跡的小偷。但是從監(jiān)控錄像和店長(zhǎng)的證詞中都沒有小偷的蹤影，而店長(zhǎng)也準(zhǔn)備把七川送到警察局！

正當(dāng)小蘭她們陷入困境的時(shí)候新一卻打來了電話，小蘭在電話里說明了現(xiàn)場(chǎng)的情況并指出有三個(gè)奇怪的客人借用過便利店的廁所。但是，貨物不見的那天，按規(guī)定只有七川值班。在新一的引導(dǎo)下小蘭確定了犯人的身份，并按照新一的提示找出了犯人。而店長(zhǎng)以償還偷盜物品為由留下了陷入困境的犯人。七川也洗清了嫌疑。

阿笠博士帶著柯南和哀拜訪了哀父親的兒時(shí)的玩伴出島。但就在這時(shí)出島卻被毒死！小哀擔(dān)心可能是暗黑組織發(fā)現(xiàn)了姐姐留下的東西而殺人滅口，但柯南予以否定并道出了兇手利用廁所的抽紙而實(shí)行的殺人計(jì)劃，而兇手正是設(shè)計(jì)所的設(shè)計(jì)員。案件解決后小哀終于拿到了姐姐留下的媽媽的遺物。另一方面黑衣人一伙似乎也有了新的行動(dòng)。

小五郎受委托調(diào)查游戲軟件工程師板倉(cāng)死亡。目暮警官斷定是心臟病發(fā)作的殺人事件。小五郎懷疑三名委托人是嫌疑犯，但沒有證據(jù)。柯南為了得到記錄著黑色組織線索的被害者日記磁片，急于解決事件。但一直沒有機(jī)會(huì)。而在案件調(diào)查方面最終在看到不自然的圍棋盤之后柯南得知死者留下的死前訊息并指出了兇手的所在。