少年偵探團(tuán)和阿笠博士一起應(yīng)邀參加冰雕祭奠，而邀請(qǐng)他們的則是前任村長(zhǎng)的女兒美加小姐，來(lái)到祭奠的他們還看到了技藝精湛的冰雕師傅鹽田。鹽田先生為祭奠所設(shè)計(jì)的冰雕旅館卻成為了結(jié)束祭奠的誘因，現(xiàn)任的山口村長(zhǎng)準(zhǔn)備停止祭奠和東都休閑產(chǎn)業(yè)合作，就在大家忙著修理冰雕大門(mén)的晚上村長(zhǎng)死在了冰雕旅館之中，而晚上起來(lái)方便的光彥聲稱(chēng)看到了村長(zhǎng)的幽靈。

在警方介入調(diào)查奈奈美母親的墜亡事件時(shí)，少年偵探團(tuán)的孩子們卻不見(jiàn)了蹤影，而現(xiàn)代當(dāng)家的助手長(zhǎng)瀨先生也不見(jiàn)了。柯南等人在神秘的暗黑之塔中遇到了各式各樣的機(jī)關(guān)，在塔內(nèi)他們還遭到了神秘人物的追趕，當(dāng)柯南反應(yīng)過(guò)來(lái)時(shí)身邊的伙伴們都消失不見(jiàn)，獨(dú)自尋找同伴的他想起了奈奈美的哥哥所說(shuō)的話(huà)語(yǔ)，暗黑之塔寶藏的秘密即將揭曉。

經(jīng)過(guò)調(diào)查警方并未在拉面里發(fā)現(xiàn)毒物反應(yīng)，反而在被害者的衣服內(nèi)側(cè)以及他隨身攜帶的物品中發(fā)現(xiàn)毒物，據(jù)拉面店老板說(shuō)這也可能是西津打算逼走他們而準(zhǔn)備放在拉面里的毒藥，不想?yún)s害死自己的意外事故，這種說(shuō)法得到了目暮警官的認(rèn)可，就在他準(zhǔn)備以自殺或意外結(jié)案的時(shí)候，暗中觀察而看透真相的柯南將小五郎麻醉道出真相。

一封寄給服部平次奇怪的信件，里面有著一個(gè)月前殺害設(shè)計(jì)公司社長(zhǎng)若松耕田先生的殺人兇手寄來(lái)的東西，和葉代替感冒的服部依照信上的指示和朋友一起拜訪(fǎng)了若松先生的大阪老家，在哪里他們看到了一個(gè)頭發(fā)很長(zhǎng)令人毛骨悚然的人，而這個(gè)人在停電的時(shí)候卻消失的無(wú)影無(wú)蹤，更奇怪的是若松先生刻在瓷磚上的死亡訊息也跟著消失了。

小蘭、園子和世良三人在上學(xué)途中發(fā)現(xiàn)了路旁的遺體，遺體的旁邊留下了用血寫(xiě)下的“死”字，這就和十年前工藤優(yōu)作唯一沒(méi)有揭穿犯人的事件幾乎一樣，為了調(diào)查這兩期案件的共同點(diǎn)，他們打電話(huà)給高木警官，但參與十年前案件的目暮警官看過(guò)遺體后卻以竊盜事件定性，回憶著十年前的一幕幕柯南依舊沒(méi)有明白自己父親的用意。