柯南注意到這些音符并將其解讀，這時，當地的老警察說倉庫里有麻生圭二留下來的樂譜，這種重要線索柯南自然不會放過，他和警察一起去找樂譜，而這期間，一直精神怪異的西本上吊死亡，腳下還留有遺書，柯南推斷出這是他殺，當在看到麻生圭二留下來的樂譜后，柯南斷定出了兇手，他利用變聲領結和廣播室說出真相。

柯南三人在去郊游的路上聽到一聲慘叫，趕到現場的時候發現一名男子痛苦的躺在地上垂死掙扎，不一會就氣絕身亡，在他的旁邊有一瓶卡滋曼，化驗結果顯示，這名男子是中毒而死，有名警員說這個人是米花之狼，曾跟蹤一個女孩子。警方找到這個叫西谷的女孩，詢問后并未發現異常，但柯南認為案件定有蹊蹺，經過反復調查和設想，他終于明白了犯人的作案手法。

小五郎帶柯南和小蘭為四井集團董事長千金麗花慶生，宴會結束后，大家的車都遭到不明人士的破壞，麗花決定住在別墅，一班追求者也表示留下來陪她。當晚，麗花莫名失蹤，大家在尋找麗花時，二階堂被溺死在噴泉旁邊，之后，小蘭也遭到同樣手法的襲擊，被柯南所救，兇手利用空調致使停電，因此可以確定犯人就是別墅里的人，這時，麗花浸在水里的尸體被發現。

戶屋英子是服裝界的名設計師，但是她所設計的服裝卻搶先被其它的廠商發表上市。明明知道是她的秘書盜取商業機秘圖利轉售卻又無可奈何。這天小蘭被選為英子的模特和柯南，小五郎一起來到英子的公司。而就在這時突然發現英子的秘書美香被刺身亡。在勘察現場之后柯南最終發現了英子殺人的手法，而在鐵證面前，戶屋英子也承認了自己的罪行。

柯南和伙伴們去美術館時撿到了一張畫有奇怪符號的紙，大家自行成立少年偵探團去調查這些暗號，按照符號的指示先到達東京塔，在周圍展開偵查卻一無所獲，休息的時候步美的新發現為柯南找到破解暗號的出口，大家一路尋找從東京鐵塔到南部水族館的標記，然而，事情并非那樣順利，柯南能破解暗號嗎？暗中跟蹤少年偵探團的黑衣人又是誰？