平次陪同和葉一起來到東京，準(zhǔn)備約小蘭與柯南一起去看彩燈。由于和葉要幫助小蘭一起做飯，平次和柯南便去樓下的白羅咖啡館打發(fā)時(shí)間。二人來到咖啡店閑聊，隔壁桌是四位來咖啡館慶生的大學(xué)生。為了一起觀看慶生視頻，其中一名男學(xué)生掏出了筆記本電腦，不料卻在插上電的一瞬間導(dǎo)致總閘跳閘，咖啡店內(nèi)瞬間一片漆黑，并有人發(fā)出一聲慘叫。當(dāng)?shù)陠T急忙重新打開總閘時(shí)，眾人卻發(fā)現(xiàn)該名男學(xué)生倒在了血泊之中……

柯南所在的班里來了一位新老師名叫若狹留美，若狹老師想在體育課前用石灰畫線，卻發(fā)現(xiàn)石灰已經(jīng)用完了。柯南告訴若狹老師舊倉庫里可能有石灰，元太和光彥開玩笑說舊倉庫有幽靈出沒，若狹老師感到很害怕，便拜托少年偵探團(tuán)一同前往舊倉庫。在尋找石灰的過程中，柯南發(fā)現(xiàn)一扇通往地下的門，眾人合力打開門后，卻驚人地發(fā)現(xiàn)了一具骸骨……

小蘭的母親妃英理在自己的事務(wù)所突然被人綁架，但她趁綁匪不注意躲進(jìn)了廢棄的大樓內(nèi)，并用搶來的手機(jī)向小蘭求救，雖然遭到了綁匪的干擾但柯南還是分辨出來了妃英理所發(fā)的信息內(nèi)容，從中獲得了一些線索后柯南帶領(lǐng)小蘭和小五郎立刻展開救援，但被綁架的地點(diǎn)可能有兩處，柯南能在危急時(shí)刻找到正確的位置嗎？

柯南確信被警察盯上的千野并不是真正的犯人，而尸體的第一發(fā)現(xiàn)者福田先生和催促番藤與天城協(xié)商的江崎小姐都有殺人的機(jī)會(huì)，但在調(diào)查中柯南并沒有得到這方面的線索。案件的條理逐漸明確，犯人殺死天城和番藤的目的是為了陷害千野，想起千野偶爾擔(dān)任推理小說新人獎(jiǎng)的審查后另一條線索出現(xiàn)了。

毛利小五郎受久須美工械廠社長的委托，調(diào)查工廠零部件被偷的案件，為了不引起職員的警惕，柯南和小蘭也一同隨行假裝參觀。在對(duì)職員們暗中調(diào)查后，行為怪異的谷崎成為毛利小五郎的懷疑對(duì)象，三人計(jì)劃在倉庫抓住罪犯的現(xiàn)行，不料卻發(fā)現(xiàn)谷崎死在了反鎖的房間里。正當(dāng)案件一籌莫展時(shí)，谷崎生前研究的老鼠機(jī)器人引起了柯南的注意。