柯南、小蘭、小五郎等到小天狗山遠(yuǎn)足，目擊了在山頂管理事務(wù)所工作的平井高也從山崖上掉下來(lái)。他們急忙到崖下去看時(shí)，平井已經(jīng)死亡。同事務(wù)所工作的近藤英一郎說(shuō)本來(lái)應(yīng)該是自己去的，為此泣不成聲，警方打算按照事故處理，柯南卻發(fā)現(xiàn)這不是突發(fā)事故而是一起殺人事件！而在調(diào)查之后柯南也發(fā)現(xiàn)了兇手的真實(shí)面目以及犯罪手法！

警察局的小五郎案件調(diào)查被盜。迷般的黑色神秘組織也許就在附近。柯南懷疑杯戶市酒店也許還有皮斯克的同伴，收集情報(bào)的美國(guó)女演員克麗絲。同時(shí)柯南與平次為刺探可疑的外國(guó)女性、英語(yǔ)教師朱蒂的情報(bào)，一起去朱蒂的家里。就在這時(shí)從公寓上有名男性墜樓。就在暮目警官準(zhǔn)備以自殺事件結(jié)案的時(shí)候平次指出了他殺的證據(jù)。

元太、光彥、步美目擊殺人事件。3人看見(jiàn)犯人要乘坐輕型卡車逃走，便潛入卡車跟蹤并聽(tīng)見(jiàn)挖掘洞穴及埋東西的聲音。次日，柯南與小五郎造訪卡車的所有方的倉(cāng)田運(yùn)輸，開(kāi)始調(diào)查。在調(diào)查之后眾人并沒(méi)有找到可疑的地方，之后柯南提議首先找到兇手隱藏尸體的地方，在不斷的尋找之后少年偵探團(tuán)的各位終于找到藏尸的地方而正在這時(shí)兇手出現(xiàn)，在眾人的齊心努力下，兇手終于被制服。

柯南他們少年偵探團(tuán)坐阿笠博士的車去野營(yíng)。在那里認(rèn)識(shí)了4個(gè)戶外同好會(huì)的大學(xué)生。晚上他們中間的泰美卻不見(jiàn)了。柯南他們?yōu)榱藢ふ姨┟蓝鴣?lái)到放煙花的高臺(tái)，但在途中撞飛了落下的欄桿。到達(dá)高臺(tái)后仍然不見(jiàn)泰美的蹤影，在回來(lái)的路上，卻發(fā)現(xiàn)了倒在路邊的泰美遺體出現(xiàn)在街上。雖然看似事故的現(xiàn)場(chǎng)但在高木警官的提醒下警方最終確定是他殺事件！

發(fā)燒的小哀醒過(guò)來(lái)發(fā)現(xiàn)阿笠博士倒在了電腦之前，正當(dāng)小哀以為教授被黑衣人殺害的時(shí)候發(fā)現(xiàn)只是誤會(huì)。之后柯南，小哀和阿笠博士去拜訪了哀的父親宮野博士的朋友出島。他們認(rèn)為他可能多少知道一點(diǎn)黑暗組織的以及哀父親的行蹤，但是出島也已經(jīng)30多年沒(méi)和宮野博士碰頭了。但是就是最近宮野博士女兒明美曾來(lái)拜訪過(guò)，正當(dāng)柯南，小哀尋找明美留在這里的物品時(shí)出島卻意外死亡！