阿笠博士帶著少年偵探團去朋友家的別墅玩，眾人卻在別墅的院子里發現一名倒在血泊中的男子，經證實此人正是俗稱“佐羅”的連環搶劫縱火犯的同黨伊勢原祐二。為了解開謎團，柯南只身一人前往深山，目睹了佐羅意圖殺害伊勢的場面。想要解圍的柯南在和伊勢一起逃亡的過程中被逼上了臨海的懸崖，在佐羅的追殺中不慎墜落懸崖的二人命運將會如何？

利用步美找到的暗號解讀表，柯南本以為能順利解開暗號，不料卻遇到了瓶頸。正當此時，若狹老師再次拜托少年偵探團前往舊倉庫尋找石灰。來到舊倉庫的眾人發現倉庫一片狼藉，在若狹老師不經意的提示下，柯南終于解開了暗號的含義，并推測犯人將再次來到舊倉庫。為了避免打草驚蛇，柯南設計誤導犯人，并在深夜與若狹老師等人再次來到舊倉庫，柯南能否順利將犯人一網打盡？

一天，李黎給米小圈出了一道腦筋急轉彎，一道題里面有十個大爺，問哪個大爺偷了錢，米小圈正絞盡腦汁想到底哪個大爺偷走了錢，還讓同學們紛紛出來情景演繹，就在這個時候，班級里忽然來了不速之客，對方小小的個字，說話卻非常苛刻，并且對同學滿臉不屑，米小圈對這個不懂禮貌的小屁孩非常反感，就在這個時候班主任魏老師來了，給班上的同學介紹，這時他們班新傳來的學生王聰聰。聽說這個王聰聰總是跳級，從一年級直接跳到三年級，貌似天資異稟，智能超強，米小圈才對此不感冒，沒過幾天，語文老師提到民間習俗對對聯，米小圈本來對自己的對子特別自信，可是王聰聰話音一轉，直接成了公然嘲諷，同學們立刻哄堂大笑。米小圈也有了新的綽號“方大方”，米小圈對新來的同學恨得咬牙切齒。沒過幾天，姜小牙在課間吹噓父親剛剛買了新車，家里又碩大的別墅，這輛新車只是開進院子就需要半個小時。旁邊一直有小朋友發出驚訝艷羨的感嘆，王聰聰卻笑問有一樣東西，上可以貼著天，下可以貼著地，問這樣東西是什么，眾人開始迷惑不解，王聰聰抑郁成績，就是嘴巴。大伙哄然大笑，姜小牙的臉都綠了。米小圈和姜小牙對王聰聰恨得牙齒癢癢，他們慫恿李黎統一戰線也給王聰聰一點厲害，但王聰聰

毛利小五郎受久須美工械廠社長的委托，調查工廠零部件被偷的案件，為了不引起職員的警惕，柯南和小蘭也一同隨行假裝參觀。在對職員們暗中調查后，行為怪異的谷崎成為毛利小五郎的懷疑對象，三人計劃在倉庫抓住罪犯的現行，不料卻發現谷崎死在了反鎖的房間里。正當案件一籌莫展時，谷崎生前研究的老鼠機器人引起了柯南的注意。

根據友寄夫人的回憶，寫有打開機關盒方法的紙條被丈夫藏在了某本書中，眾人紛紛開始查閱圖書館中的藏書。柯南在回憶友寄夫人所言之后，頓悟了紙條被藏匿的方法，并推理出紙條所在的書籍。正當眾人齊心協力想要從書中找出紙條時，圖書館突然停電陷入一片黑暗，柯南等人趕緊前往放置機關盒的展廳，卻發現基德早已留下卡片逃之夭夭。