柯南將小五郎麻醉并召集島上的所有人，準備將真相公之于眾，但遲遲未見和葉和服部的身影，在警察的催促中，柯南只好開始對整個案件進行推理，雖然門脅和祿郎最有可能犯案但柯南卻首先排除了他們二人的嫌疑，而當他指出真兇時，在座之人無一不感到震驚，這時，自救成功的服部及時趕到推理現場，更是說出了一個讓兇手都意外的事實。

柯南等人循著灰原留下的記號一路尋找，因為兇手就在同行的三名獵人之中，灰原和光彥就在大樹下面留下一些散落的蘑菇作為暗號，躲在叢林里期望柯南能有所行動制服兇手。柯南果然不負眾望，破解了灰原留下的暗號，正準備麻醉兇手時，卻又有所猶豫，并大聲喊出了灰原和光彥，柯南到底有何用意？

被害的真紀的因為錢包不見了，被疑為是強盜殺人。乍看之下雖然像是強盜殺人，柯南卻肯定兇手是這些大學生一行人中的某人。雖然懷疑藤浩的不在場證明是否可以確立，這時這一行人中復雜的人際關系一點一點浮現出來。這次的殺人事件中，隱藏著另外一個邪惡的計劃。在“沉睡的小五郎”的解說下兇手最終浮出水面來。

小五郎等人在去海豚樂園的路上，遇到了幾位正在進行大學同學聚會的女子。為了接另一位大學同學，他們一起前往海豚樂園飯店卻意外發現她們等待已久的藤村直美被殺害了。經過調查之后柯南確認了兇手的身份并向大家演示了兇手利用雪糕的犯罪手法。再自己留下的證據面前，兇手最終承認了罪行。

博士請大家在一個叫Peach Sunny的咖啡店吃甜點，期間，在靠窗位置有兩個正在爭吵的人引起柯南的注意，就在博士剛趕到咖啡店時，突然沖進了一輛卡車，撞死了坐在靠窗位置的那位先生，警方趕來后，得知死者叫相田，而和他一起的是大原企畫的社長大原，意外發生時，大原正好去了廁所，所以才保住性命，這場看似意外的案件其實是有人蓄意殺害，那么，兇手是誰？他又采用了什么樣手法？