柯南在朋友們?nèi)D書館做讀書報(bào)告時(shí)，警察突然來(lái)詢問(wèn)圖書館職員玉田失蹤一事，館長(zhǎng)津川表示自己也不清楚，警察做了簡(jiǎn)單的搜尋后離開。但少年偵探團(tuán)留到夜晚做深入調(diào)查，期間館長(zhǎng)曾鬼鬼祟祟的來(lái)過(guò)一次，等他離開后，大家發(fā)現(xiàn)館長(zhǎng)在利用圖書館進(jìn)行販毒交易，當(dāng)他們找到被館長(zhǎng)殺害的玉田的尸體時(shí)，沒(méi)想到館長(zhǎng)也發(fā)現(xiàn)了他們，少年偵探團(tuán)能否順利脫險(xiǎn)？

米花博物館將要舉辦珠寶展，園子家的「黑暗星辰」也要參展，可在此之前，園子家收到了一封來(lái)自怪盜基德的盜取通知信，柯南解開通知信的暗號(hào)后來(lái)到杯戶市立飯店屋頂，基德在月色中憑空到來(lái)，將警方內(nèi)部搞的一團(tuán)糟后，順利逃跑，并留下通知信說(shuō)他定會(huì)盜走「黑暗星辰」。宴會(huì)當(dāng)天，園子的母親給上船的每個(gè)人都發(fā)了一顆黑珍珠，混淆視聽，可基德手法更高一籌，他偽裝成了鈴木會(huì)長(zhǎng)登上船只。

清潔公司的董事藤井被樓上掉下的重物砸死，警察在尸體旁邊發(fā)現(xiàn)了一個(gè)沒(méi)有指紋的口風(fēng)琴，柯南認(rèn)為這并不是簡(jiǎn)單的意外事件而是謀殺，警察去清潔公司社長(zhǎng)中山的辦公室進(jìn)行調(diào)查時(shí)，這里的監(jiān)視器引起了柯南的興趣，在對(duì)監(jiān)視器進(jìn)行了簡(jiǎn)單的操作后和攝影內(nèi)容簡(jiǎn)單回查后，兇手浮出水面。

小五郎應(yīng)畫家花岡之邀前來(lái)談話，可是等了許久仍沒(méi)見到花岡的身影，就在小五郎生氣要離開時(shí)花岡出現(xiàn)，與此同時(shí)，另一位住在對(duì)面的女插畫家蝶野打來(lái)電話說(shuō)要自殺，柯南等人親眼看到蝶野從樓下墜落，趕到現(xiàn)場(chǎng)時(shí)蝶野已死，而這個(gè)看似自殺的案件其實(shí)是他人謀殺，兇手就是花岡，可蝶野從樓上跳下時(shí)，花岡正和大家在一起，他到底是怎么做到的？

小五郎骨折住院，某天夜晚他看到對(duì)面的房間有殺人的黑影，匆忙趕去后，卻發(fā)現(xiàn)屋里什么都沒(méi)有，接下來(lái)的幾天，發(fā)生了同樣的事情，主治醫(yī)師白井說(shuō)可能是因?yàn)槠诙a(chǎn)生的幻覺(jué)，但柯南卻認(rèn)為事件沒(méi)那么簡(jiǎn)單，他陪夜的當(dāng)晚也看到了殺人場(chǎng)景，兩人一起跑出去，當(dāng)他趕到小五郎身邊時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)小五郎已昏倒，旁邊還躺著已經(jīng)死去的江藤醫(yī)生，小五郎就這樣糊里糊涂的成了「殺人兇手」……