警方從案件相關(guān)人的口中得知，一年前被害者曾在這個停車場撞死過一個小男孩，之所以出現(xiàn)車禍就是因?yàn)楫?dāng)時被害者穿著厚底鞋而無法及時剎車，一番追查后，柯南發(fā)現(xiàn)兇手就是……與此同時，只身在百貨公司內(nèi)的園子遭到了兇手追殺，在黑暗的百貨大樓里很難鎖定園子的位置，危機(jī)時候，目暮警官及時出現(xiàn)擋住了兇手的襲擊，但他卻因此受傷。數(shù)日后，大家一起去醫(yī)院看望目暮警官時，從松本那里得知了目暮警官的秘密。

柯南，小蘭與小五郎秋季去松江旅行時結(jié)識了大阪來的和歌團(tuán)的5名成員。5人分別是文學(xué)家，牙醫(yī)，和果子店主，圖書管職員，投資家。這是一個連句愛好者的聚會。連句愛好者的各位因?yàn)槌楹灈Q定了每人所要吟詠的地方而分頭行動。第二天，投資家被殺害的尸體在松江城發(fā)現(xiàn)，而剩下的成員全對投資家心懷恨意。

柯南得知了整個案件的真相之后，將小五郎麻醉并把旅店的所有人都叫到廚房，他首先請出了這起案件的關(guān)鍵——三郎，就在大家疑惑時，屋子里又出現(xiàn)了一只和三郎一樣的狗，柯南道出了連老板娘都不知道的隱情……解釋清楚三郎的事情后，接下來就是戳穿兇手，揭示真相的時刻，兇手根本就不是森林里帶黑色針織帽子的男子，相反的她就在這間旅店中，沒錯，兇手就是……

茂木認(rèn)為小五郎是兇手而開槍將他射傷，當(dāng)前來“黃昏別館”的所有名偵探都命喪黃泉時，電腦上居然出現(xiàn)了一行關(guān)于寶藏的信息，一直躲在監(jiān)視器操控室的神秘幕后黑手終于按捺不住露出了真面目，沒想到這個人居然是……柯南引導(dǎo)她說出了整件事的真相，而這時，本應(yīng)死去的偵探們居然都出現(xiàn)在門口，可到底是怎么回事？這棟別墅的寶藏又是什么？

死者是奈緒子，柯南和服部在案發(fā)現(xiàn)場發(fā)現(xiàn)了魚鱗和腳印，然而腳印的方向卻通向大海，只靠這些零星的線索，根本無法抓到兇手。這時，君惠說她有今年祭典購買號碼牌的名冊，于是柯南一行人前往神社，悲劇再次發(fā)生，君惠為找名冊死在倉庫的大火之中。之后，柯南和服部分頭行動，服部發(fā)現(xiàn)了新的線索，正巧此時柯南打來電話，他到底推理出了怎樣的真相而讓服部吃驚不已？上山找門脅時，和葉為救服部墜落懸崖，她能否化險為夷？