目睹柯南墜崖的眾人陷入了痛苦和無(wú)助之中，警察署的搜查工作也一籌莫展，然而小哀卻覺(jué)得此事另有蹊蹺，便獨(dú)自上路尋找柯南。另一方面伊勢(shì)原在柯南的幫助下成功脫險(xiǎn)，二人在山中的木屋與小哀相遇。在三人的設(shè)計(jì)和警方的幫助下，抓捕佐羅的行動(dòng)圓滿(mǎn)完成。正當(dāng)眾人以為此事已畫(huà)上句點(diǎn)時(shí)，柯南卻發(fā)現(xiàn)案件仍有疑點(diǎn)……

少年偵探團(tuán)的理科自由研究作業(yè)是拍攝鎮(zhèn)子的全景照片，為此阿笠博士帶他們來(lái)到云丸山露營(yíng)，在山中小屋他們遇到了正在爭(zhēng)吵的四人，而三年前意外去世的元木是他們爭(zhēng)吵的焦點(diǎn)。爭(zhēng)吵過(guò)后岳美負(fù)氣離開(kāi)睡在了懸崖底下，半夜的時(shí)候榮子等人為三年前因意外去世的元木默哀，正好醒來(lái)的柯南見(jiàn)證了這一幕，但在第二天元太卻發(fā)現(xiàn)山下的岳美小姐倒在了血泊中。

練習(xí)空手道的京極曾在幼時(shí)受到高見(jiàn)達(dá)人的指點(diǎn)，高見(jiàn)老師的教誨才成就了如今的京極，京極拜訪老師道館的時(shí)候園子拖著柯南也來(lái)參觀。高利貸催款的人來(lái)到了道場(chǎng)，得知老師要賣(mài)掉道場(chǎng)引退后京極非常反對(duì)，京極出去沒(méi)多久就聽(tīng)到了玻璃破碎的聲音，一行人沖出去后發(fā)現(xiàn)道館內(nèi)寶貴的黑帶不見(jiàn)了。

小蘭的母親妃英理在自己的事務(wù)所突然被人綁架，但她趁綁匪不注意躲進(jìn)了廢棄的大樓內(nèi)，并用搶來(lái)的手機(jī)向小蘭求救，雖然遭到了綁匪的干擾但柯南還是分辨出來(lái)了妃英理所發(fā)的信息內(nèi)容，從中獲得了一些線索后柯南帶領(lǐng)小蘭和小五郎立刻展開(kāi)救援，但被綁架的地點(diǎn)可能有兩處，柯南能在危急時(shí)刻找到正確的位置嗎？

小五郎讓柯南和小蘭陪他一起去位于大分的別府溫泉旅行，說(shuō)到別府溫泉最有名的莫過(guò)于地獄巡游之旅，就在小蘭和柯南興致勃勃討論的時(shí)候小五郎卻在一旁默不作聲。在柯南和小蘭的逼問(wèn)下小五郎才說(shuō)出了實(shí)情，這次的旅行目的是尋找仲代電氣社長(zhǎng)的女兒麻奈美，柯南根據(jù)照片找到了麻奈美所住的旅館，但這僅僅只是開(kāi)始。