次日，大家來(lái)到傳說(shuō)有幽靈的飯店，園子因沒(méi)有休息好而一人留在車(chē)上休息 ，用餐結(jié)束的時(shí)候，柯南看到車(chē)子居然開(kāi)始沿路向懸崖的方向下滑，柯南和小蘭急忙跑去追車(chē)子，所幸在墜落之前將園子救出。因?yàn)橛辛岁幱埃瑘@子要走了去警察局，可是路上卻被不明人士跟蹤，道脅提議兵分兩路，小蘭和柯南將跟蹤狂制服，沒(méi)想到這個(gè)人居然是……而柯南突然意識(shí)到園子有危險(xiǎn)，當(dāng)他們趕到時(shí)，園子已經(jīng)被歹徒持刀相向……

就在警察找不到任何線索想要以自殺結(jié)案時(shí)，柯南把在案發(fā)第一現(xiàn)場(chǎng)找到的領(lǐng)帶別針交給警方，這就推翻了自殺的說(shuō)法，但想要抓到兇手，還需要找到更加有決定性的證據(jù)。這時(shí)，柯南注意到了在案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)發(fā)現(xiàn)的繩子，他突然想到什么，就跑到旁邊的枯井，一切不出他所料，兇手就是那個(gè)人，他再次將小五郎麻醉，揭秘流傳至今的五重塔傳說(shuō)以及兇手！

當(dāng)新出醫(yī)生得知來(lái)取健康檢查結(jié)果的小五郎，就是傳說(shuō)中的大偵探之后，便邀請(qǐng)小五郎，小蘭和柯南留在他家里吃便飯，但在飯前卻突然停電，來(lái)電之后，大家在浴室里發(fā)現(xiàn)新出醫(yī)生的尸體，同時(shí)，在浴缸里還發(fā)現(xiàn)了一把刮胡刀，乍一看像是因?yàn)橛|電而死的意外事件，但在柯南看來(lái)卻是一場(chǎng)有預(yù)謀的殺人案件。

收到市川產(chǎn)業(yè)的會(huì)長(zhǎng)的委托而且參加了在會(huì)長(zhǎng)家開(kāi)的party的小五郎他們，為了確定公司的繼承人調(diào)查了會(huì)長(zhǎng)的女兒們。在柯南跟蹤一重小姐時(shí)卻不慎被人暈倒，當(dāng)他起來(lái)趕往會(huì)場(chǎng)的時(shí)候市川卻因?yàn)橥话l(fā)心臟病倒地身亡。但市川真的是因?yàn)橥话l(fā)心臟病死亡卻引發(fā)了市川的女兒們的爭(zhēng)論。而從包里搜出的注射器的一重也成為了頭號(hào)嫌疑犯。但在柯南推理下最終發(fā)現(xiàn)了真兇的身份。

柯南在死者村西真美家發(fā)現(xiàn)了四處疑點(diǎn)，在少年偵探隊(duì)的提醒和暗示下，高木終于知道了案件的真相，大家找到真兇用證據(jù)讓他承認(rèn)罪行。而另一邊，杯戶美術(shù)館則即將在市民的矚目和阿笠博士的熱帶彩虹炸彈中爆破，可佐藤警官和東田還在美術(shù)館內(nèi)，情況危急，佐藤警官真的會(huì)葬身美術(shù)館嗎？