高木警官和佐藤警官瞞著警局里的同事們，偷偷在熱帶樂園的水世界見面，為了阻撓他們的約會(huì)，警局的同事們暗中搗鬼，安排柯南，光彥等人出現(xiàn)在他們面前，就在這個(gè)時(shí)候，高木警官原本裝有求婚戒指的包居然出現(xiàn)毒品，之后，他意識(shí)到這一定是在搭乘“海地五萬里列車”時(shí)被人調(diào)了包，柯南根據(jù)這個(gè)包包的肩帶判斷出他的主人是個(gè)左撇子，并根據(jù)當(dāng)時(shí)所拍攝的照片和游客所填寫的信息表，將目標(biāo)鎖定在一個(gè)叫高城登的人身上。

少年偵探隊(duì)在調(diào)查連續(xù)闖空門事件的時(shí)候，一幢公寓里突然傳出女聲尖叫，原來這名叫細(xì)野的小姐在買回來的二手沙發(fā)里發(fā)現(xiàn)了一具女尸，警方懷疑是她就是兇手，但細(xì)野卻有不在場(chǎng)的證明，這時(shí)，她的鄰居德永先生剛好回來，他說昨天聽到細(xì)野房中有爭(zhēng)執(zhí)的聲音，為搜集更多線索，高木去了那家二手家具店調(diào)查，得知那個(gè)沙發(fā)其實(shí)是從細(xì)野家附近的垃圾堆撿到的，一切又回到原點(diǎn)，就在大家一籌莫展時(shí)，光彥說他知道誰是兇手……

小五郎受委托調(diào)查游戲軟件工程師板倉死亡。目暮警官斷定是心臟病發(fā)作的殺人事件。小五郎懷疑三名委托人是嫌疑犯，但沒有證據(jù)。柯南為了得到記錄著黑色組織線索的被害者日記磁片，急于解決事件。但一直沒有機(jī)會(huì)。而在案件調(diào)查方面最終在看到不自然的圍棋盤之后柯南得知死者留下的死前訊息并指出了兇手的所在。

小蘭在英語課上開小差后被老師朱蒂發(fā)現(xiàn)，看到了『×』的標(biāo)記，但卻不知其意。放學(xué)后，園子同朱蒂與柯南一起去咖啡店。突然大廈內(nèi)停電，咖啡店邊的電梯發(fā)現(xiàn)男性的尸體。是誰被殺了，而在死者隨身帶著的資料帶上有用血書寫的『○×△』又有什么意思？是被害者留下的暗示嗎，柯南發(fā)現(xiàn)死亡信息的不同之處，是否解開了死亡信息的謎題？

警察局的小五郎案件調(diào)查被盜。迷般的黑色神秘組織也許就在附近。柯南懷疑杯戶市酒店也許還有皮斯克的同伴，收集情報(bào)的美國女演員克麗絲。同時(shí)柯南與平次為刺探可疑的外國女性、英語教師朱蒂的情報(bào)，一起去朱蒂的家里。就在這時(shí)從公寓上有名男性墜樓。就在暮目警官準(zhǔn)備以自殺事件結(jié)案的時(shí)候平次指出了他殺的證據(jù)。