7年前杯戶街上發(fā)生了一起搶劫殺人案，案件當(dāng)時只有一個目擊證人，那就是5歲的小女孩友里未央奈。7年后小五郎帶著蘭和柯南一起來到鳩笛莊度假，友里未央奈正是鳩笛莊女主人的女兒。來度假的客人井出正也無意間談起了7年前很熱門的特攝劇彗星假面超人比恩，這讓友里未央奈陷入了恐慌之中，因為當(dāng)年那起搶劫殺人案的犯人戴的就是假面超人比恩的面具。

在幫純子小姐調(diào)查入室偷竊的時候小五郎和柯南遇到了一起命案，死者是純子小姐的鄰居北上先生，初步判斷為酗酒墜樓，但在高木警官調(diào)查附近鄰居時柯南看出了端倪。所調(diào)查的房間里柯南看到了幾處線索，這些都可以說明北上并非意外墜亡，但是柯南還是沒有找到關(guān)鍵的證據(jù)，小五郎在電梯里整理儀容時柯南突然明白了什么。

受宿里村村長之邀，柯南和平次等人共同前往宿里村尋寶。到達(dá)旅店后，通過與其他幾位考古學(xué)家和歷史學(xué)家交談，他們得知在寶藏的埋藏之處曾發(fā)生過塌方事故，其中一位外國挖掘隊員在彌留之際寫下了意為“鵺”的字條，而鵺正是傳說中極為兇猛的怪獸。飯后當(dāng)眾人準(zhǔn)備回房休息，平次卻突然發(fā)現(xiàn)門前失火，眾人在火中看到了體型巨大的怪獸。為了一探究竟的柯南和平次在追蹤怪獸的過程中，卻發(fā)現(xiàn)了倒在血泊中已經(jīng)喪命的歷史學(xué)家。

柯南等人幫助舊書店店主裕次郎搬運書籍，并在書店遇到了裕次郎的兒子一郎。一郎對于父親經(jīng)營舊書店的事感到很不滿，爭執(zhí)中眾人不歡而散。在光彥的帶領(lǐng)下，柯南等人來到了舊書店旁的公園，準(zhǔn)備觀看蒸汽機車發(fā)動的場面，并在等待的途中偶遇了一郎。正當(dāng)眾人與蒸汽機車合影完畢返回書店時，卻發(fā)現(xiàn)裕次郎被壓在了倒塌的書架下面……

小五郎竟然拒絕去看沖野洋子主演的新電影，原因是這部電影的原型很像他和妃英理，正當(dāng)他們爭論的時候小蘭接到了一個聊天軟件的申請，同意后小蘭竟然收到了媽媽妃英理的求救，就在他們疑惑的時候另一個相同的賬號也加入了聊天，柯南一眼看出妃英理遇到了危險，而犯人正在擾亂他們的判斷。