柯南和阿笠博士從板倉(cāng)的日記磁片中果然找到了他與黑暗組織接觸過(guò)的線索，這讓柯南興奮不已，于是兩人立馬趕往板倉(cāng)的別墅，企圖找到板倉(cāng)所開(kāi)發(fā)的系統(tǒng)軟體和黑衣組織發(fā)來(lái)的郵件，然而，讓他們沒(méi)想到的是，郵件竟然有密碼，如果在一定時(shí)間內(nèi)沒(méi)有打開(kāi)，郵件將自動(dòng)刪除，而這將引起黑衣組織的懷疑，這時(shí)，屋內(nèi)的電話響起，從另一邊傳來(lái)沃克質(zhì)疑的聲音，柯南和阿笠博士該如何應(yīng)對(duì)？

少年偵探隊(duì)為幫白鳥(niǎo)警官報(bào)仇，堅(jiān)持留下來(lái)和警察一起進(jìn)行破案，根據(jù)歹徒留下來(lái)的警告信，警方認(rèn)為炸彈就安在紅色的電車上，可是費(fèi)盡力氣找到的全都是用來(lái)混淆視聽(tīng)的假炸彈，如果找不到炸彈,住在東京區(qū)的1200萬(wàn)居民都將成為人質(zhì)，柯南再次仔細(xì)琢磨這封警告信，發(fā)現(xiàn)歹徒所指的地方就是東都塔，并且那里也已經(jīng)發(fā)生了一次小型爆炸。高木警官和柯南沖入東都塔，成功將困在電梯的女孩解救，但他們兩人就沒(méi)有那么幸運(yùn)了，柯南發(fā)現(xiàn)裝在炸彈上的水銀汞柱已經(jīng)啟動(dòng)！

追蹤光彥而來(lái)到群馬縣山中的柯南他們，得知一名連續(xù)殺人犯逃入了同一森林中。沿著小河走的光彥與推理中的柯南用偵探徽章呼叫他時(shí)，光彥被殺人犯逮著。哀告訴柯南沼淵原來(lái)是組織的成員。柯南正要告訴哀光彥來(lái)此的目的時(shí)，光彥的徽章聲音迫近了。終于在眾人找到光彥的時(shí)候驚訝的發(fā)現(xiàn)他和光彥在一起！原來(lái)兩人都只是為了來(lái)看螢火蟲(chóng)。

步美有個(gè)朋友答應(yīng)送給她豪華的七段裝飾人偶，因此步美約柯南等人來(lái)到此人家中。正巧同幢公寓里住的津曲水貴與古董鑒定師三重芳春也來(lái)到這戶人家，希望主人能轉(zhuǎn)讓一幅價(jià)值數(shù)千萬(wàn)的壁畫(huà)。女主人觀野節(jié)子和繼母彌生拒絕了2人的請(qǐng)求，但就在主人外出后，那幅壁畫(huà)失竊了。在警方的調(diào)查下少年偵探團(tuán)的各位發(fā)現(xiàn)了現(xiàn)場(chǎng)的些許的不自然的地方!

為了找到兇器柯南再次返回案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)進(jìn)行調(diào)查，并要求重新查看嫌疑人的證物，這時(shí)，他注意到了貼在地板上的走位標(biāo)記，并在這些膠帶下面發(fā)現(xiàn)了棉花，這些線索無(wú)疑讓他知道了兇器的位置以及兇手的犯案手法，正當(dāng)他準(zhǔn)備麻醉小五郎時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)麻醉針已經(jīng)沒(méi)有了，他只能直接給小五郎提供線索，沒(méi)想到小五郎竟然單獨(dú)找瑠璃談話，難道他懷疑瑠璃，所以要?jiǎng)袼允祝?/p>