就在萬(wàn)由美好不容易找到自己的身份的時(shí)候卻突然逃走了，而她遺失的紙條上寫(xiě)著“要知道真相就一個(gè)人來(lái)”的信息！而就在柯南追過(guò)來(lái)之后發(fā)現(xiàn)險(xiǎn)遭毒手的萬(wàn)由美。在眾人調(diào)查神社時(shí)得知萬(wàn)由美之前曾來(lái)過(guò)這里。晚上萬(wàn)由美又再次的險(xiǎn)遭綁架，但凡人卻留下了一份借條，借此柯南推斷出了犯人的身份，而所謂的好友的身份也最終暴露出來(lái)。

小蘭和小五郎按照指示來(lái)到了車(chē)站，就在這時(shí)阿波羅發(fā)現(xiàn)了在車(chē)站里奇怪的男人并得到了接下來(lái)的線索U字。之后小蘭一行來(lái)到了接下來(lái)的提示的瓷器店而這時(shí)阿波羅和母親一起離開(kāi)剩下小五郎和小蘭繼續(xù)尋找線索。第二天在警方的要求下小蘭眾人繼續(xù)破解沒(méi)有完全解開(kāi)的暗號(hào)，而就在眾人解開(kāi)暗號(hào)來(lái)到會(huì)場(chǎng)之后，柯南發(fā)現(xiàn)賽場(chǎng)上的米奈芭有些不對(duì)勁！

小五郎受到一個(gè)名叫立李三可的委托，帶著柯南和小蘭一起來(lái)到群馬縣調(diào)查真相，途中他們遇見(jiàn)了德備六朗和荒巖，并從他們口中得知了11年前有一個(gè)名叫辰彥的孩子在旅館附近的河中溺斃而亡的事件，這與信中所提及的殺人案有何聯(lián)系？辰彥父親同時(shí)也是約見(jiàn)地點(diǎn)光羅旅館的老板沼山伴藏也讓人覺(jué)得很怪異，次日清晨，滿身都是刺鼻氣味液體的伴藏死在了旅館的頂樓房間，難道是小蘭昨晚在河邊看到的河童下的毒手嗎？

天來(lái)到公園驚醒樂(lè)隊(duì)指揮訓(xùn)練的步美總是會(huì)遇到一個(gè)奇怪的人，這天在少年偵探團(tuán)的各位陪同下步美又一次遇到這個(gè)醉酒的跟蹤狂。第二天當(dāng)她們?cè)俅蝸?lái)到這里時(shí)卻發(fā)現(xiàn)這個(gè)叫做與田的男人的尸體！看似是醉酒事故，但在詢(xún)問(wèn)了死者的同事之后得知死者恐高的事實(shí)。最終在調(diào)查現(xiàn)場(chǎng)后柯南確定了此次是殺人事件并找出了兇手的真實(shí)身份。

柯南并沒(méi)有從步美找到的照片中發(fā)現(xiàn)重要的線索，便將破案的關(guān)鍵再次鎖定日記，仔細(xì)反復(fù)查看之后，柯南發(fā)現(xiàn)了其中的端倪，于是，他再次來(lái)到琴房確認(rèn)自己的發(fā)現(xiàn)，沒(méi)想到步美等人放在門(mén)口的背包不翼而飛，而且大家還注意到了鋼琴旁邊凳子的變化，一切如柯南所料，他讓步美、元太和光彥等人高唱?dú)g快的歌曲，果然將躲在黑暗中悄悄觀察他們的人揪了出來(lái)。