為了紀(jì)念戰(zhàn)國武將信長入主岐阜城450周年，偵探少年團(tuán)和阿笠博士來到岐阜市內(nèi)游玩。在光彥的提議下，眾人共同觀看了當(dāng)?shù)氐挠⑿坌惚硌荨１硌萁Y(jié)束后，光彥因想得到簽名而獨(dú)自返回觀看場所，然而他卻在尋找表演人員的過程中遭到綁架……與此同時(shí)，在博物館展出的信長公像也一并失竊。光彥能否獲救？柯南眾人尋盡線索，希望迅速找出幕后黑手。

柯南醒來后發(fā)現(xiàn)自己身在一個(gè)狹小黑暗的空間里，眼睛漸漸習(xí)慣后他才發(fā)現(xiàn)自己被困在了棺材里，能聽到風(fēng)聲這一點(diǎn)證明他還沒被埋起來，暈倒前的一幕幕也漸漸想了起來。毛利小五郎最近接到了一起案子，律師事務(wù)所保險(xiǎn)柜被撬，存放在里面的遺囑不見了，這是過世的塘橋集團(tuán)會(huì)長的遺囑，這件事與柯南的遭遇是否有聯(lián)系呢？

小五郎受J聯(lián)賽之邀擔(dān)任東京SPIRITS隊(duì)和大阪鋼巴隊(duì)的比賽開球儀式嘉賓，柯南與小哀他們也跟著小五郎來參觀后臺(tái)。步美是東京SPIRITS隊(duì)11號赤木英雄球員的粉絲，這次是英雄受傷后的首次出賽，步美本想送自制飲料給英雄，但因規(guī)定只能將賽場提供的運(yùn)動(dòng)飲料遞給了英雄。小五郎見狀也要了一瓶飲料解渴，但卻沒想到因此引發(fā)了不良反應(yīng)。

和柯南推測的一樣，17年前殺害羽田浩司的兇手就是那個(gè)從現(xiàn)場消失的名叫淺香的保鏢，其真實(shí)身份是黑暗組織的二把手朗姆，除了這些從羽田的死亡訊息中得到的線索外柯南一籌莫展。就在柯南思索的時(shí)候聽到了電視臺(tái)打給毛利小五郎的電話，號稱靈魂偵探的堀田打算破解羽田浩司的案件，但當(dāng)柯南和小五郎趕到指定賓館時(shí)又一起兇殺案發(fā)生了。

毛利小五郎帶小蘭和柯南到傳說有天狗出沒的山里玩，路遇鄉(xiāng)土學(xué)者下村昌三。天色已晚，小五郎他們只好在民宿住上一晚。第二天，在小蘭的提議下，大家去附近的洞窟景點(diǎn)參觀，卻意外撞到鎮(zhèn)長帶著天狗的面具，在洞窟懸崖上的祠堂上吊自殺。鎮(zhèn)長為何要扮成天狗？他自殺的動(dòng)機(jī)又是什么？