阿笠博士帶著少年偵探團(tuán)去朋友家的別墅玩，眾人卻在別墅的院子里發(fā)現(xiàn)一名倒在血泊中的男子，經(jīng)證實(shí)此人正是俗稱(chēng)“佐羅”的連環(huán)搶劫縱火犯的同黨伊勢(shì)原祐二。為了解開(kāi)謎團(tuán)，柯南只身一人前往深山，目睹了佐羅意圖殺害伊勢(shì)的場(chǎng)面。想要解圍的柯南在和伊勢(shì)一起逃亡的過(guò)程中被逼上了臨海的懸崖，在佐羅的追殺中不慎墜落懸崖的二人命運(yùn)將會(huì)如何？

外出露營(yíng)的少年偵探團(tuán)為了避雨來(lái)到了一棟別墅，別墅內(nèi)的男傭人告訴大家最近房間內(nèi)有幽靈出現(xiàn)。在交談中，柯南等人得知?jiǎng)e墅的女主人不久前剛剛?cè)ナ?，而男主人則認(rèn)為幽靈是女主人回到了家中。關(guān)于出現(xiàn)幽靈一事，女傭人似乎顯得十分不適，而男主人的侄子似乎行跡也有些奇怪。柯南察覺(jué)到幽靈之事必有蹊蹺，決心與少年偵探團(tuán)一同查明真相。

受宿里村村長(zhǎng)之邀，柯南和平次等人共同前往宿里村尋寶。到達(dá)旅店后，通過(guò)與其他幾位考古學(xué)家和歷史學(xué)家交談，他們得知在寶藏的埋藏之處曾發(fā)生過(guò)塌方事故，其中一位外國(guó)挖掘隊(duì)員在彌留之際寫(xiě)下了意為“鵺”的字條，而鵺正是傳說(shuō)中極為兇猛的怪獸。飯后當(dāng)眾人準(zhǔn)備回房休息，平次卻突然發(fā)現(xiàn)門(mén)前失火，眾人在火中看到了體型巨大的怪獸。為了一探究竟的柯南和平次在追蹤怪獸的過(guò)程中，卻發(fā)現(xiàn)了倒在血泊中已經(jīng)喪命的歷史學(xué)家。

"米小圈睡得模模糊糊，他打開(kāi)鬧鐘一看，呀，時(shí)間已經(jīng)到了上午10點(diǎn)多了，米小圈嚇得連忙喊爸爸也起床，父子倆一個(gè)要上班，一個(gè)要上學(xué)，他們趕緊刷牙洗臉，順便喊媽媽準(zhǔn)備全家人的早餐，媽媽睡眼惺忪地來(lái)到他們身邊，她定睛看了看鬧鐘，原來(lái)鬧鐘放反了，現(xiàn)在才凌晨2點(diǎn)多，米小圈趕緊又回到床上休息，普通又忙碌的一天，就這樣拉開(kāi)了序幕。上午老師給全班同學(xué)留了一道作文題，名字叫《我的朋友》，米小圈想來(lái)想去，他覺(jué)得自己的朋友實(shí)在太少了，忍不住傷心的哭了起來(lái)，父親看到孩子在抹眼淚，關(guān)切地坐在他身旁問(wèn)怎么回事，米小圈問(wèn)爸爸有沒(méi)有朋友，嗯，至于朋友這件事，他的父親從來(lái)沒(méi)有想過(guò)，于是隨口感嘆，他好像一直都沒(méi)有朋友，說(shuō)完這句話，父親也感覺(jué)到深深的悲哀，忍不住痛哭起來(lái)，母親看到父子倆如此悲戚，無(wú)奈搖搖頭。最近《十萬(wàn)個(gè)為什么》在小朋友身邊非常流行，放學(xué)后米小圈和同學(xué)車(chē)馳一起討論《十萬(wàn)個(gè)為什么》里面的內(nèi)容，嗯，這個(gè)車(chē)馳實(shí)在見(jiàn)識(shí)廣博，米小圈站在他面前，簡(jiǎn)直就像一個(gè)三歲的小朋友，自我感覺(jué)實(shí)在太孤陋寡聞，他決定今后少和車(chē)馳小朋友在一起探討有關(guān)科學(xué)方面的問(wèn)題。轉(zhuǎn)眼就到作文課了，老師讓小朋友們逐個(gè)上臺(tái)演講，說(shuō)一說(shuō)他的好朋友，同學(xué)們一個(gè)又

夜晚園子心血來(lái)潮帶著小蘭和柯南來(lái)公園里觀賞銀河，不料卻在花壇里發(fā)現(xiàn)了一起行兇案。園子透過(guò)望遠(yuǎn)鏡看到了一雙女子的手，她手上的戒指正在被兇手摘下，園子過(guò)于震驚沒(méi)有看到兇手的長(zhǎng)相。之后園子大概確定了行兇案的方向，帶著小蘭和柯南組成女高中生偵探團(tuán)去破解這樁行兇案。