土屋益子雖然被認(rèn)為是因?yàn)榇蚱屏司沼倚l(wèi)門(mén)的新作“風(fēng)水丸”而內(nèi)疚自盡的，但柯南在看到現(xiàn)場(chǎng)的血跡時(shí)發(fā)現(xiàn)了不正常的地方，最終確定這是一起殺人事件并推理出了犯人的犯罪手法和兇手的身份。而在鐵證面前兇手也最終承認(rèn)了罪行，坦白了因不愿意益子繼續(xù)將自己的作品作為師父的作品來(lái)欺騙他人而殺人的事實(shí)。

某天，小五郎收到一封請(qǐng)求信，一個(gè)叫中村操的人說(shuō)他搬進(jìn)繼承的別墅之后，就碰到很多詭異的事情，到達(dá)后，柯南發(fā)現(xiàn)這個(gè)別墅確實(shí)充滿(mǎn)謎團(tuán)，大門(mén)扶手缺少的雕像，別墅里隨處可見(jiàn)動(dòng)物時(shí)鐘，所有數(shù)字型時(shí)鐘相同的刮痕，在屋頂?shù)拈w樓里好像有人，跟十年前疾風(fēng)竊盜集團(tuán)有關(guān)的新聞資料，高爾球袋上的DEMON字樣，另外，還有從鴿子時(shí)鐘里出來(lái)的恐怖妖怪，解開(kāi)這些謎團(tuán)的鑰匙在哪里呢？

學(xué)校里最近發(fā)生了很多詭異的事情，而且教導(dǎo)主任在沒(méi)請(qǐng)假的情況下也消失了好幾天，當(dāng)柯南向老師和校長(zhǎng)問(wèn)及此事時(shí)，大家也都避而不語(yǔ)，為調(diào)查真相少年偵探團(tuán)夜探帝丹小學(xué)，附有學(xué)生名字的娃娃，移動(dòng)的人體模型，窗戶(hù)后面的黑影，樓梯上的煙霧和扶手上的紅色顏料，以及自己班級(jí)里突然出現(xiàn)的十幾個(gè)黑影，雖然這一切看似撲朔迷離，但是真相只有一個(gè)。

當(dāng)新出醫(yī)生得知來(lái)取健康檢查結(jié)果的小五郎，就是傳說(shuō)中的大偵探之后，便邀請(qǐng)小五郎，小蘭和柯南留在他家里吃便飯，但在飯前卻突然停電，來(lái)電之后，大家在浴室里發(fā)現(xiàn)新出醫(yī)生的尸體，同時(shí)，在浴缸里還發(fā)現(xiàn)了一把刮胡刀，乍一看像是因?yàn)橛|電而死的意外事件，但在柯南看來(lái)卻是一場(chǎng)有預(yù)謀的殺人案件。

雖然現(xiàn)在清楚了兇手的犯案手法，但還是不能將犯人鎖定在一個(gè)人身上，這四名一同前來(lái)的朋友都有犯案的嫌疑，柯南在廁所外面和內(nèi)部都發(fā)現(xiàn)了地上帶有血跡的線(xiàn)條，并且他還從四人的交談中得知半年前因散彈槍走火而死亡的成田，經(jīng)過(guò)推斷，他已經(jīng)知道了真相，就在這時(shí)，小五郎卻叫來(lái)所有人，說(shuō)他已經(jīng)知道了誰(shuí)是真兇！