此次幽靈恐慌的第二天，柯南他們下榻的民宅的主人—永倉先生被人襲擊了。永倉先生雖然沒有生命危險(xiǎn)，但是犯人是誰卻不得而知。警察以重要參照人為理由帶走了從在進(jìn)行地球遺產(chǎn)登陸委員會那里派來的缺德調(diào)查官川治，但柯南卻發(fā)覺這其中不自然的地方，最終少年偵探團(tuán)的各位找到了真正的犯人并將找出了幽靈少女的真相。

帝丹高中最近發(fā)生了不可思議的靈異事件，小蘭本想拜托小五郎調(diào)查卻被拒絕，所以由柯南出馬破解校園靈異事件之謎。期間，小蘭他們還遇到新出醫(yī)生，于是一行人在園子的帶領(lǐng)下首先來到了體育館，這里曾莫名的出現(xiàn)了兩年前就已死去的保坂的書桌，接著又來到了詭異的圖書館和導(dǎo)致保坂死去的樓梯，經(jīng)過一圈查看，柯南已大致明白，就在這時(shí)，操場中間突然出現(xiàn)了保坂的書桌……

平次，葉子終于安全到達(dá)小五郎的事務(wù)所，五人在吃飯的時(shí)候說道最近都內(nèi)發(fā)生了連續(xù)發(fā)火事件，現(xiàn)場總會留下紅色的馬的人偶。次日，柯南等人造訪委托他們的諸角宅邸后亮子也以可能是自己多疑了為由放棄了委托。而在柯南他們監(jiān)視的過程中遇到了風(fēng)水師曾我和亮子的沖突。就在柯南眾人回去之后又再次發(fā)生了火災(zāi)而地點(diǎn)正是亮子的住處。

柯南去看望同學(xué)片岡純，結(jié)果被人誤認(rèn)為是純而遭到綁架。很快，綁架犯吉澤正向純的父親片岡茂電話要求贖金3千萬圓。并且指名交付贖金的必須是片岡的再婚的對方江崎幸子。吉澤在公園得到放有幸子送去的贖金的蜂蜜便當(dāng)，乘輕四輪車逃走。但是，在警察的追蹤中，車子突然消失在隧道里！

警察雖然推斷巖夫是自殺，但柯南卻發(fā)現(xiàn)了眾多的疑點(diǎn)。而從尸體嘴里流血的事實(shí)，燈繩上可疑的繩結(jié)和小蘭的敘述中柯南最終推理出了犯人的犯罪手法。但是，就在柯南要揭露兇手的關(guān)鍵時(shí)刻卻因?yàn)楦忻安荒馨l(fā)聲了！沒有其他辦法，柯南通過不斷的比劃的猜謎來引導(dǎo)眾人來尋找兇手的線索，最終犯人的身份揭曉。而兇手也承認(rèn)因?yàn)槠拮拥挠龊Χ鴼⑺辣缓φ叩氖聦?shí)。