幽靈事件解決后博人的神秘力量就再也沒有發動過，但他更擔心的是班長堇的現狀。校舍接近完工，志乃老師讓大家重新組隊進行實戰訓練，這是為了讓同學們多做嘗試，借此找到畢業后能夠一起組隊的同伴，這個時候大家都想起了缺席的堇。堇現在的狀況非常尷尬，要不要回到學校還得看她本人的意愿，為此志乃親自去探望了堇。

最近一連串的事件牽扯出了根的殘黨，佐井在秘密研究所找到了線索。與此同時，早已清楚真正犯人是誰的巳月向博人透漏了消息，但博人卻怎么也不愿相信，因為操縱暗影的竟然是他們的班長堇。在遭到佐井抓捕時堇召喚出了鵺，狂暴的鵺勢必會給村子帶來災難性的打擊，巳月接到的任務是殺掉堇從而停止鵺的活動，面對這種局面博人又會做出怎樣的選擇？

鳴人被大筒木一族困在神樹，桃式瘋狂抽取九尾查克拉，并嘲笑忍者是他們的查克拉口糧。佐助和我愛羅、長十郎、黑土、達魯伊以及博人突襲大筒木基地，鳴人和博人父子倆終于相互理解，鳴人的忍道同樣激勵了博人。桃式眼看戰局不利，吞食了大筒木同伴的力量，爆發終極殺手锏。"

大筒木一族三人突襲中忍考試會場，目的是回收鳴人的尾獸查克拉重新種植神樹，煉制長生不老的丹藥。佐良娜險些被大筒木金武襲擊，佐助登場救女兒。鳴人被大筒木桃式一腳踢飛，博人用科學忍具接連反擊，力量卻被對方吸收據為已用。鳴人開啟九尾模式對抗大筒木，他守護村子的身影感化了博人。

尸澄真等人拿到忍刀后準備組建新的忍刀七人眾引發革命，長十郎得知后準備肅清他們，如果有必要的話神樂也難逃一劫。博人說服長十郎準備私下解決這次的叛亂，他打算把事態控制到小鬼打群架的程度，沒有更好辦法的長十郎決定陪博人和佐良娜一起行動，而其他同伴也偷偷跟了上去，但持有忍刀的尸澄真一行并沒有那么好對付。